| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 2,709,677 | Δ12 bp | coding (1239‑1250/1812 nt) | oatA_2 ← | O‑acetyltransferase OatA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2709676 | 12 (0.190) | 51 (0.810) | 45/280 | 0.6 | 81.6% | coding (1251/1812 nt) | oatA_2 | O‑acetyltransferase OatA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2709689 = | 11 (0.180) | coding (1238/1812 nt) | oatA_2 | O‑acetyltransferase OatA | |||||
AGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGT > USA300TCH1516_ALE/2709538‑2709814 | aGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAtt < 2:109988‑M1/141‑3 (MQ=255) aaGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctct < 1:324973‑M1/141‑7 (MQ=255) aaGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAGAtcgg > 1:844483/1‑138 (MQ=255) aGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctt < 1:671341‑M1/141‑8 (MQ=255) ttACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttc < 1:150561/141‑1 (MQ=255) aaTATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggc > 1:385615‑M1/1‑124 (MQ=255) tatCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggctt < 1:732395‑M1/141‑20 (MQ=255) ttcCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttc < 1:41663‑M1/140‑21 (MQ=255) atCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttc < 1:535656‑M1/141‑21 (MQ=255) tCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttca < 2:407318‑M1/141‑22 (MQ=255) ccaccaTGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcat < 1:610273‑M1/141‑23 (MQ=255) caccaTGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctttctt > 2:256455/1‑141 (MQ=255) tGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCGTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGGCGGCTGCTCTTTCTTCTCgg < 1:189090/141‑1 (MQ=255) ccGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgc > 1:977969‑M1/1‑110 (MQ=255) cGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgcc < 2:187185‑M1/141‑33 (MQ=255) gAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgcca > 2:80060‑M1/1‑108 (MQ=255) gAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCa > 2:84266/1‑141 (MQ=255) gTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaag < 1:859847‑M1/141‑36 (MQ=255) cACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtg < 1:128851‑M1/141‑38 (MQ=255) cAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcat < 2:305315‑M1/141‑41 (MQ=255) cAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcat > 1:675762‑M1/1‑101 (MQ=255) aaTTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGCCTGCCTCTCCTCTTGCTCATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttcccttttttctcggcttcatgttgtttgccacgtgcatc > 1:325709‑M1/1‑100 (MQ=255) tAGTGGTGATGACTTTTTACTATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactg < 1:211195‑M1/141‑48 (MQ=255) tAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactg < 1:487552‑M1/141‑48 (MQ=255) tAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactg < 1:211210‑M1/141‑48 (MQ=255) aGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgt > 1:203649‑M1/1‑93 (MQ=255) tAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacga > 1:929275‑M1/1‑77 (MQ=255) aaTATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgat > 1:74478‑M1/1‑76 (MQ=255) atCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatcga > 1:525709‑M1/1‑73 (MQ=255) atCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgataga < 1:347419‑M1/141‑69 (MQ=255) atCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAg < 2:235177/141‑1 (MQ=255) tCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagac > 1:402935‑M1/1‑72 (MQ=255) ccTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacg > 1:893419‑M1/1‑71 (MQ=255) ctTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaa < 1:302103‑M1/141‑74 (MQ=255) ctTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaa < 1:677920‑M1/141‑74 (MQ=255) ttCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgcccagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataat > 2:206888‑M1/1‑60 (MQ=255) ttCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataat > 1:176165‑M1/1‑60 (MQ=255) tCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataata < 1:196098‑M1/141‑83 (MQ=255) tCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataa > 1:369867‑M1/1‑53 (MQ=255) cTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCaataa < 1:589729/141‑1 (MQ=255) ttATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggactccagtataggataactaac > 1:52907‑M1/1‑48 (MQ=255) ttATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaac < 1:756187‑M1/141‑94 (MQ=255) aTCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAg < 1:689816/141‑1 (MQ=255) tctTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgtt > 2:174505‑M1/1‑42 (MQ=255) tctTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAGCTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGAta > 1:775965/1‑141 (MQ=255) ctTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttc < 1:140956‑M1/141‑101 (MQ=255) gCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctag < 2:315813‑M1/141‑104 (MQ=255) cTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagc < 1:74090‑M1/141‑105 (MQ=255) tCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaat > 1:122957‑M1/1‑33 (MQ=255) ttttttAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattg > 1:37327‑M1/1‑31 (MQ=255) ttAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgcccc < 2:278175‑M1/141‑115 (MQ=255) ttAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgcccc > 2:405891‑M1/1‑27 (MQ=255) tAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgcccct < 1:894488‑M1/141‑116 (MQ=255) aCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAAt > 1:670421/1‑141 (MQ=255) tttttCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgccccttcttttta > 1:700272‑M1/1‑18 (MQ=255) ttttCTTCGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgccccttctttttag > 1:219424‑M1/1‑17 (MQ=255) tcttcGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATGGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCct < 1:649159/141‑1 (MQ=255) cGTTGTTTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgccccttctttttaggtaaaaa > 1:533203‑M1/1‑10 (MQ=255) tgttTTAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgccccttctttttaggtaaaaatgc > 1:813510‑M1/1‑7 (MQ=255) ttttAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcacactgtcccctgagcccaccgctagccgcaacccataataggataactaacactgttctagcaaattgccccttctttttaggtaaaaatgcaa < 1:93146‑M1/141‑137 (MQ=255) ttttAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgccccttctttttaggtaaaaatgcaa < 1:90140‑M1/141‑137 (MQ=255) tttAttctctttcttctcggcttcatgttgtttgccaagtgcatcaaactgtccactgagcacaacgatagacggaaccaataataggataactaacactgttctagcaaattgccccttctttctaggtaaaaatgcaaa < 1:623074‑M1/141‑138 (MQ=255) ttAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGGCCACTGGGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGt > 1:93469/1‑141 (MQ=255) | AGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCATCAAACTGTCCACTGAGCACAACGATAGACGGAACCAATAATAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGT > USA300TCH1516_ALE/2709538‑2709814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |