New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 368778 | 52 (1.130) | 3 (0.070) | 3/250 | NT | 6.4% | intergenic (+212/+66) | bglK/ybbH_2 | Beta‑glucoside kinase/putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH |
? | USA300TCH1516_ALE | = 368819 | 38 (0.860) | intergenic (+253/+25) | bglK/ybbH_2 | Beta‑glucoside kinase/putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH |
CACATCACACTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATG > USA300TCH1516_ALE/368640‑368915 | cacaTCACACTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAg < 1:737573/141‑1 (MQ=255) caTCACACTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCa < 1:743945/141‑1 (MQ=255) aTCACACTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAACTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCaa < 1:401242/141‑1 (MQ=255) acacTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTc > 2:176159/1‑141 (MQ=255) acacTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTc > 2:44629/1‑141 (MQ=255) cacTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCg < 1:116232/141‑1 (MQ=255) acTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATGAAAAAAGCACCTAGCAACTCGt > 1:425996/1‑141 (MQ=255) ggACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATc < 2:5647/141‑1 (MQ=255) tCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgatga < 1:631173/141‑1 (MQ=255) tCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgatga < 1:370715/141‑1 (MQ=255) cTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgatgat > 1:193495/1‑141 (MQ=255) cTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgatgat < 2:303546/141‑1 (MQ=255) tAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGAtt < 2:204048/141‑1 (MQ=255) aaCTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGt > 1:244510/1‑141 (MQ=255) tatCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgag < 1:58584‑M1/141‑37 (MQ=255) aaccaacAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTg > 1:188813/1‑141 (MQ=255) accaacAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGc < 1:767670/141‑1 (MQ=255) aCAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggt > 2:43914‑M2/1‑137 (MQ=255) cAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtg < 1:648858‑M2/141‑6 (MQ=255) aGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgagttgctaggtgc < 1:441502‑M1/141‑48 (MQ=255) aGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATAGTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTgg > 1:163972/1‑141 (MQ=255) gtgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAtt > 2:55862/1‑141 (MQ=255) gtgCCACGGACAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAACAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAtt < 1:590854/141‑1 (MQ=255) tgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAttt < 1:372956/141‑1 (MQ=255) tgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAttt < 1:473973/141‑1 (MQ=255) tgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAttt > 2:325014/1‑141 (MQ=255) tgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGAAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAttt > 1:595530/1‑141 (MQ=255) aaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGt < 2:225019/141‑1 (MQ=255) aattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTagcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgagttgctaggtgcttttttaatttcaatacca < 1:738873‑M1/141‑68 (MQ=255) ttGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAt > 1:337821/1‑141 (MQ=255) tGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAtt < 1:194926/141‑1 (MQ=255) agaagCTTATATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATttgt < 1:144811/141‑1 (MQ=255) aacTGAGGTATTAAAATTTTAGACAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTtgttgt < 1:755664/139‑1 (MQ=255) tGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTa > 1:751770/1‑141 (MQ=255) agaTATTAACATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAgg > 1:692415/1‑141 (MQ=255) tatTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGata < 1:240037/141‑1 (MQ=255) ttttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAttt < 1:45324/141‑1 (MQ=255) tttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTa > 2:71800/1‑141 (MQ=255) aGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTa > 2:21966/1‑141 (MQ=255) gAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTAt < 1:768560/141‑1 (MQ=255) aaaTGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGt < 1:473564/141‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGtt < 1:196400/141‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGtt < 1:222145/141‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATGTAGTATGtt < 1:693690/141‑1 (MQ=255) gTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGAt > 1:535051/1‑141 (MQ=255) aaaaaTATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGt < 1:523458/141‑1 (MQ=255) aaaaaTATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGt > 1:232848/1‑141 (MQ=255) atatTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGa < 1:437307/141‑1 (MQ=255) atatTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGAGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTTAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGa < 2:224418/141‑1 (MQ=255) atTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACt > 2:69134/1‑141 (MQ=255) atTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACt > 2:38699/1‑141 (MQ=255) tGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCtaggtgcttttttaatttcaataccaaatatttttttacattttctaaaattttaatatctcagcttcttcaatt < 1:738873‑M2/141‑76 (MQ=255) tGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAg > 1:79069/1‑141 (MQ=255) aTTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTc < 2:168423/141‑1 (MQ=255) aTTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTc < 1:737575/141‑1 (MQ=255) ttGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCg < 1:10882/141‑1 (MQ=255) gAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTa < 1:87609/141‑1 (MQ=255) aTTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCTGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTAttt < 1:624260/141‑1 (MQ=255) aTTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTAttt > 1:258303/1‑141 (MQ=255) aaaaGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCtaa < 2:12558/141‑1 (MQ=255) aaGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCtaata > 1:734712/1‑141 (MQ=255) gCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtgcttttttaatttcaataccaaatatttttttacattttctaaaattttaatatctcagcttcttcaatttaatttgcccgtggcacact < 1:441502‑M2/141‑95 (MQ=255) cACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgagttgctaggtgcttttttaatttcaataccaaatatttttttacattttctaaaattttaatatctcagcttcttcaatttaatttgcccgtggcacactg < 1:648858‑M1/141‑137 (MQ=255) cACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAAt > 1:161164/1‑141 (MQ=255) aCCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgagttgctaggtgcttttttaatttcaataccaaatatttttttacattttctaaaattttaatatctcagcttcttcaatttaatttgcccgtggcacactgt > 2:43914‑M1/1‑4 (MQ=255) | CACATCACACTCTATCTAGGACCAATCTAAACTATATCAACCAACAGTGTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATG > USA300TCH1516_ALE/368640‑368915 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |