| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262909 | 166 (0.810) | 30 (0.170) | 13/140 | NT | 16.3% | intergenic (+34/‑193) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262932 | 162 (0.910) | intergenic (+57/‑170) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1262810‑1262909‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagcccattTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAA < USA300TCH1516_ALE/1262932‑1262844 TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTA < 2:3074005/91‑1 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATACAGTTAACAGATGATATAAATGGCTAT > 2:8017/1‑91 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 2:29819/91‑1 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT > 2:118256/1‑91 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT > 2:2866876/1‑91 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGACATAAATGGCTAT > 2:3291308/1‑91 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGAAGGTCTTTATGAATCATTATTAACTCTTAATAAATAAAGTTAAAAGAAGATATAAATGGTTAT > 2:1365594/1‑91 ACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAG < 1:3535845/91‑1 ACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAG < 1:3535792/91‑1 ACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAG > 2:1697034/1‑91 CATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGC < 2:3486443/91‑1 ATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCCGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCC < 2:3683605/91‑1 ATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCC < 1:3093204/91‑1 ATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAAGCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCC > 1:1147271/1‑91 TTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTCACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCC < 2:3549933/91‑1 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:1033104/1‑91 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:34793/1‑91 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:199369/1‑91 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:1842639/1‑91 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA < 2:763329/91‑1 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 2:3157580/1‑91 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 2:3158035/1‑91 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 1:2072708/1‑91 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 2:1810360/1‑91 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 2:2002275/1‑91 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAAGCATTATTAACGGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 2:569964/91‑1 AAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACAGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTA < 2:2904543/91‑1 AGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTAT < 1:3590547/91‑1 AGAAGCAGGTACTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTGTAGCCCATTTCCGATACTTTTAT < 1:3590471/91‑1 CAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGT < 1:3688890/91‑1 CAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGT < 1:3097273/91‑1 CAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGT < 2:1405734/91‑1 agaTATTTATGAATCATTATTAGCTGTTCATAAATAAAGTCAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATATTTTTATAAAGTA < 2:2345860/88‑1 AGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTA < 1:1033553/91‑1 AGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTA < 1:2316627/91‑1 AGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTA < 1:2316786/91‑1 AGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTA < 1:2735530/91‑1 GGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTAT < 2:962532/91‑1 GGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTAT < 2:1316155/91‑1 GGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTAT < 2:195397/91‑1 GGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTAT < 2:251877/91‑1 GGTATTTATGAATCATTATTAACTGGTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTAT < 2:673767/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 2:1865179/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 2:1899985/91‑1 ATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGA < 1:1189149/91‑1 TTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAA < 2:1344614/91‑1 TTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAA < 1:1485806/91‑1 TTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAA < 2:199275/91‑1 TTATGAATGATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 2:3073661/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 1:1861298/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 1:477064/91‑1 gATGAATCATTATTAGCTGGTAATAAATAAAGTGAAAAGATGATATAAATGGCTAGAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATG < 2:2492078/90‑1 TGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCAATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGG < 1:3412306/91‑1 TGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCAATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGG < 1:3411655/91‑1 ATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAG < 1:1570914/91‑1 aacTAAATGAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAAAGCCCATTACCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCA < 2:1706309/88‑1 ATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTCTAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGA > 1:3425933/1‑91 ATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGA > 2:2751888/1‑91 ATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGA > 1:917742/1‑91 ATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGA < 2:2298038/91‑1 ATAGCCCATTTCCGATACCTTTATAAAGTCTGGAATGCGCTATAGCCATTCACATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGA > 2:21415/1‑91 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT > 1:211303/1‑91 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 1:355481/91‑1 CCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCA < 2:1403498/91‑1 CCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCA > 1:1287769/1‑91 CCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCA < 1:1839703/91‑1 CCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCAT < 2:2203768/91‑1 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA > 2:2682588/1‑91 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA > 2:2682436/1‑91 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA > 2:2682168/1‑91 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCACCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA > 2:2551035/1‑91 TTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAA < 2:838671/91‑1 TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1262810‑1262909‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagcccattTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAA < USA300TCH1516_ALE/1262932‑1262844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |