| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1868943 | 198 (0.970) | 16 (0.090) | 7/142 | NT | 8.3% | intergenic (‑350/+120) | ytnP/trmB | putative quorum‑quenching lactonase YtnP/tRNA (guanine‑N(7)‑)‑methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1868972 | 180 (1.000) | intergenic (‑379/+91) | ytnP/trmB | putative quorum‑quenching lactonase YtnP/tRNA (guanine‑N(7)‑)‑methyltransferase | |||||
TTGTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1868845‑1868943‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatcggacTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAAGCGCAATTATCTCTATAATTAAAAGTGACT < USA300TCH1516_ALE/1868972‑1868883 TTGTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAA < 2:734256/91‑1TTGTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAA < 2:733662/91‑1TTGTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAA > 2:2310766/1‑91TTGTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAA > 2:2310924/1‑91TTGTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAA > 2:2398414/1‑91TTGTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAA > 1:2206909/1‑91 TGTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAA > 2:2680797/1‑91 GTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAA < 2:1237633/91‑1 GTTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAA > 1:2288296/1‑91 TTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAAT > 2:174879/1‑91 TTCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAAT > 2:3582919/1‑91 TCATATGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATC > 1:181935/1‑91 TCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATCATCGCGCTTTTTTTATATTCTAAATCAAAAAATC > 2:359634/1‑91 TCATAGGCGCATTATCTCCTTTAGTTATTTGTTTAGTCACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAGATC > 1:838177/1‑91 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ACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCG < 2:2322829/91‑1 ACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCG < 1:1447046/91‑1 ACTTTTAATTATAGAGATAATTGCGCGTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCG < 2:590169/91‑1 TTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCGATT < 1:1991062/91‑1 TTTAATTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCGATT < 1:1990916/91‑1 TTATAGAGATAATTGCGCTTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTG < 1:899852/91‑1 AAATCGGACTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAAGCGCAATTATCTCTATAATTAA > 2:3378128/1‑91 AAATCGGACTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAAAATAAAAAAAGCGCAATTATCTCTATAATTAA < 2:2528612/91‑1 AAATCGGAATGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAAGCGCAATTATCTCTATAATTAA < 2:3214136/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/1868845‑1868943‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatcggacTGATGGAAAAAGTTTTTAACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAAGCGCAATTATCTCTATAATTAAAAGTGACT < USA300TCH1516_ALE/1868972‑1868883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |