| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256409 | 157 (0.770) | 18 (0.110) | 9/132 | NT | 11.0% | intergenic (+62/+59) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256428 | 161 (0.960) | intergenic (+81/+40) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256409‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagccaacacatAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTGC < USA300TCH1516_ALE/2256428‑2256339 TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAA < 1:2708115/91‑1TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAA > 1:1543451/1‑91TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAA > 1:1543638/1‑91 TTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAA > 1:2989489/1‑91 TTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAAATCAAA < 2:3400248/91‑1 TNCACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCANAGTAACTTATTTAANTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAA > 2:2301815/1‑91 TACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAA > 1:3399421/1‑91 ACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAA > 2:2414342/1‑91 CACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAG < 2:2044513/91‑1 CACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAG < 1:354123/91‑1 ACAAATGATGGACATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTGAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACGCAAAAAGC < 2:1484942/91‑1 ACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGC < 2:912840/91‑1 CAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCC < 1:2438564/91‑1 AATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAA > 1:1507899/1‑91 AATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAA > 2:1273486/1‑91 AATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAA < 2:1828166/91‑1 AATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAA > 2:2753755/1‑91 ATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCCGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTCACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC > 2:1037744/1‑91 ATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC < 2:2122424/91‑1 ATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC < 2:3161770/91‑1 ATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC < 1:3106127/91‑1 ATGACGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC > 1:3117879/1‑91 TGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACA < 2:1550923/91‑1 GATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACAC < 1:2582035/91‑1 GATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACAC < 2:2469681/91‑1 GATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACAC > 2:415829/1‑91 GATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACAC < 1:342074/91‑1 ATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAACAGCCAACACA > 2:541738/1‑91 ATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACA > 1:1126690/1‑91 ATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACA > 1:2453383/1‑91 ATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTC‑AAAAGCCAACACAT > 1:2171681/1‑91 ATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTC‑AAAAGCCAACACAT > 1:2171597/1‑91 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT > 2:1740164/1‑91 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT > 1:2977037/1‑91 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:633311/91‑1 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT > 2:2797778/1‑91 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT > 1:2977244/1‑91 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTCAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT > 2:1261001/1‑91 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTCAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT > 2:1260988/1‑91 TTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATA < 1:88720/91‑1 AATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCC < 2:2344858/91‑1 ATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCA < 2:1934800/91‑1 TCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAG < 1:1596119/91‑1 TCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAG < 1:1595949/91‑1 CGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGA < 2:827623/91‑1 CGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGA < 2:1399618/91‑1 GCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 2:1794969/91‑1 GCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 2:1795533/91‑1 GCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 2:2168688/91‑1 GCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 2:3299698/91‑1 GCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 2:51883/91‑1 GCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 1:1005502/91‑1 CAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAAT < 2:1917512/91‑1 CAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAAT < 1:824637/91‑1 AGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATG < 1:635073/91‑1 GAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 2:3901405/91‑1 GAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 1:597744/91‑1 AAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAA > 1:2884002/1‑91 AAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAAT > 2:215141/1‑91 AAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAAT > 1:2322990/1‑91 AAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATA < 1:3280046/91‑1 AGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGAGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCAGTGTTAAAGAGCAATTAGAGTCAATTTAAATAA > 2:3706744/1‑91 GCCAACACATGAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAG < 2:1187568/91‑1 GCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAG < 2:1569815/91‑1 CCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGT > 2:2185853/1‑91 CAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTT > 2:319412/1‑91 AACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTA < 1:3848981/91‑1 AACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTA > 1:813191/1‑91 ACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTAC > 2:1353754/1‑91 ACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTAC > 2:1830989/1‑91 CACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCCTTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACT > 2:1769753/1‑91 CACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACT > 2:1769729/1‑91 CACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACT < 2:3809393/91‑1 CACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACT > 1:1774532/1‑91 CACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACT > 1:1774561/1‑91 CACATAAATGGGAATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACT > 1:3035450/1‑91 ACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTC > 1:3263539/1‑91 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCT > 1:1748098/1‑91 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCT > 2:2455370/1‑91 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCCTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCT > 2:3886544/1‑91 ATAAATGTGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTG < 2:2867048/91‑1 ATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTCAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTG > 2:1181704/1‑91 ATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTG < 1:763946/91‑1 ATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTG < 2:3637960/91‑1 ATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTG < 2:2847236/91‑1 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTGC > 1:1222181/1‑91 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTGC > 1:1222142/1‑91 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTGC < 1:261869/91‑1 TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256409‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagccaacacatAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTGC < USA300TCH1516_ALE/2256428‑2256339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |