| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256409 | 157 (0.770) | 18 (0.110) | 9/132 | NT | 11.0% | intergenic (+62/+59) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256428 | 161 (0.960) | intergenic (+81/+40) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
CGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTG > USA300TCH1516_ALE/2256338‑2256518 | gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:1222142‑M2/1‑90 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa < 1:261869‑M2/91‑2 (MQ=255) cAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTat < 2:2847236‑M2/91‑3 (MQ=255) cAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTat < 1:763946‑M2/91‑3 (MQ=255) cAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTGAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTat > 2:1181704‑M2/1‑89 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatg > 2:2455370‑M2/1‑88 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATTCCCATTTatgtg > 1:3035450‑M2/1‑86 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtg < 2:3809393‑M2/91‑6 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtg > 1:1774561‑M2/1‑86 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAAGGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtg > 2:1769753‑M2/1‑86 (MQ=255) gTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgt > 2:1353754‑M2/1‑85 (MQ=255) aCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttgg > 2:2185853‑M2/1‑82 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc < 2:1569815‑M2/91‑11 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTCTAATTGCTCTTTAACACTGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACTCATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct > 2:3706744‑M2/1‑80 (MQ=255) tATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctt < 1:3280046‑M2/91‑13 (MQ=255) aTTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggcttt > 1:2322990‑M2/1‑78 (MQ=255) aTTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggcttt > 2:215141‑M2/1‑78 (MQ=255) tttAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttt > 1:2884002‑M2/1‑77 (MQ=255) tAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttat > 1:419790/1‑91 (MQ=255) atcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttatt > 2:2349597‑M1/42‑91 (MQ=255) aaTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttattt > 2:354198/1‑91 (MQ=255) aaTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttattt < 2:1224563/91‑1 (MQ=255) aTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttattta < 2:3889509/91‑1 (MQ=255) tGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTtata < 1:2234189/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 2:3141788/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 1:376478/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 1:298306/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 2:2779018/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 2:2499674/91‑1 (MQ=255) taagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtattat > 1:1763194‑M1/34‑91 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta > 2:1388830/1‑91 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta < 2:3871009/91‑1 (MQ=255) aaTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATGAc < 2:1125271/91‑1 (MQ=255) aaTTGCTCTTTAACAAGGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTAc < 2:637069/91‑1 (MQ=255) tGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTa < 1:2099707/91‑1 (MQ=255) gCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTAt < 2:2344490/91‑1 (MQ=255) ctctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATc < 1:1740164/91‑1 (MQ=255) tctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCt > 2:1970985/1‑91 (MQ=255) ctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTg > 2:2385266/1‑91 (MQ=255) cgttAACAATGCGATTAAGCTCAAAAAGCCAACACATGCTGTGCATATCCCCATTGATGTGTTGGCGTTTATTGAGATGATTACTTAGCTg < 1:3143122/89‑1 (MQ=255) tttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGt > 1:684299/1‑91 (MQ=255) tttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGt < 2:2540538/91‑1 (MQ=255) tAACAGTGCGATTAAGCTCAAATAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCCTTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAg < 2:1631350/91‑1 (MQ=255) aCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAt > 2:2689021/1‑91 (MQ=255) cAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAtt < 1:3946595/91‑1 (MQ=255) gCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCt > 2:844131/1‑91 (MQ=255) cGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCtt < 2:1506659/91‑1 (MQ=255) aTTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaa < 1:2360986/91‑1 (MQ=255) ttAAACTCAACAAGCCAACACATTCTGGGCGTCTCCCCATTTATGTGTCGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaag > 2:657051/1‑91 (MQ=255) ttAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaag > 2:771134/1‑91 (MQ=255) ttAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaag > 2:228647/1‑91 (MQ=255) tAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagt > 2:1887211/1‑91 (MQ=255) tAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagt < 2:3014645/91‑1 (MQ=255) aaCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagtaa < 1:482264/91‑1 (MQ=255) cTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGa > 1:353077/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAt > 2:1409325/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAt > 1:2530687/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAt > 1:1693540/1‑91 (MQ=255) AAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTaa < 2:480518‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCCAACACGTTCTGGGCGTATCCCCGTTTATGTTTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTGTCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTaaa > 2:3434270‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAAc < 2:891640‑M1/91‑1 (MQ=255) CCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAGGTAAGATTTAAACAt > 2:9653‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATCTCTATTACTACTTATCTGTAGATTAGCTTCAGTAAGATTTCAACATCCa < 2:1257349‑M1/91‑1 (MQ=255) CACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCaa < 2:690602‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAAt < 2:3605695‑M1/91‑1 (MQ=255) caTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactct < 1:635073‑M2/91‑70 (MQ=255) CATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAAtt < 2:1053480‑M1/91‑1 (MQ=255) CATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAAtt > 1:3900040‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctg < 1:824637‑M2/91‑71 (MQ=255) ATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTa < 1:930027‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCATTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTa < 2:1400547‑M1/91‑1 (MQ=255) ttCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgc < 1:1005502‑M2/91‑72 (MQ=255) ttCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgc < 2:1794969‑M2/91‑72 (MQ=255) ttCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgc < 2:3299698‑M2/91‑72 (MQ=255) TTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAt < 1:2151931‑M1/91‑1 (MQ=255) tCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcg < 2:827623‑M2/91‑73 (MQ=255) tCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATg > 1:2636162/1‑91 (MQ=255) tCTGGGCGTATCCCCATTGATGTGTTGGCTGGTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATg < 2:2206286/91‑1 (MQ=255) cTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcga < 1:1595949‑M2/91‑74 (MQ=255) cTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGt < 1:906490/91‑1 (MQ=255) tGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgcgat < 2:1934800‑M2/91‑75 (MQ=255) gggCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGttt < 1:2829248/91‑1 (MQ=255) cGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATc < 2:1106275/91‑1 (MQ=255) gTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCt > 2:3491065/1‑91 (MQ=255) tATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTa < 1:2764636/91‑1 (MQ=255) tCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACt > 2:534102/1‑91 (MQ=255) ttctaTTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGTTTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTg < 2:2729588/87‑1 (MQ=255) ccccATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTg < 1:1314165/91‑1 (MQ=255) cccATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGa > 2:760044/1‑91 (MQ=255) cATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATg < 1:1766618/91‑1 (MQ=255) tttATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGtt < 1:1069679/91‑1 (MQ=255) tttATGTATTAGATATTAATTATACTATAACTTCTCTGTTAATTAGCTAATTTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTCACGtt < 2:172302/91‑1 (MQ=255) | CGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTG > USA300TCH1516_ALE/2256338‑2256518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |