| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2317588 = | NA (NA) | 57 (0.300) | 12/150 | NT | 64.8% | intergenic (+241/‑215) | iucC_3/USA300TCH1516_02193 | Aerobactin synthase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2317610 = | 33 (0.160) | intergenic (+263/‑193) | iucC_3/USA300TCH1516_02193 | Aerobactin synthase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑ggcac‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2317677‑2317588‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCCAAAC > USA300TCH1516_ALE/2317610‑2317704 AGTATGTAAAAGTAAAATTGCATGTTAATACGTAGTATGAAGGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 2:1248052/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 2:3493899/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G > 2:1231425/1‑91AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 2:2688864/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 2:3493767/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G > 1:3279862/1‑91AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G > 1:1774492/1‑91AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G > 1:1774105/1‑91AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 1:322263/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G > 2:563603/1‑91AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G > 2:816638/1‑91AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACGCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 2:2688968/91‑1AGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAATCTTAATTGCGAGACTCATGAGGGAGCAGTGCGAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑G < 2:3573397/91‑1 GTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGTGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GG > 2:1541313/1‑91 GTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGCGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GG < 2:2338467/91‑1 GTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GG < 2:3715768/91‑1 GTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GG > 1:3826414/1‑91 GTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GG > 1:1046053/1‑91 TATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGC > 1:3117247/1‑91 TATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGC > 1:3117367/1‑91 TATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGC < 2:1379549/91‑1 TATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCCGAGAC‑GGC > 2:3618739/1‑91 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCg < 2:2191229/91‑2 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCA < 2:2612170/91‑1 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCA < 1:3546440/91‑1 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCA > 1:2836752/1‑91 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCA > 1:286582/1‑91 ATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCA > 2:538017/1‑91 TGTAAGAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTCTTAATGGCGAGACGCCTGGGGGAGCAGTGGCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCAC < 2:527161/91‑1 TGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCAC < 1:537074/91‑1 TGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCAC > 2:2318916/1‑91 TGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCAC < 1:536973/91‑1 TGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCAC < 1:2238368/91‑1 TGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCAC < 1:2818569/91‑1 TGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCAC < 1:2771883/91‑1 GGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTA > 2:2161402/1‑91 CTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCAAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATT > 2:3958028/1‑91 GAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTT > 1:1694612/1‑91 GTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAaa > 1:2627941/1‑89 GTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 1:2494293/1‑91 CAGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 1:1278620/1‑91 AGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTT > 1:46570/1‑91 AGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTT > 1:46497/1‑91 AGTCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTT > 1:401964/1‑91 AGTCGAAGACCAAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTT > 1:264676/1‑91 TCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTT > 1:2075190/1‑91 TCGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTa > 1:1446592/1‑90 TCGAAGACCAAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTT > 1:2053919/1‑91 TCGAAGACCAAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTT > 1:2053920/1‑91 CGAAGACCGAGGCTGAGAC‑GGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaa > 2:3107042/1‑89 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |