| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2317588 = | NA (NA) | 57 (0.300) | 12/150 | NT | 64.8% | intergenic (+241/‑215) | iucC_3/USA300TCH1516_02193 | Aerobactin synthase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2317610 = | 33 (0.160) | intergenic (+263/‑193) | iucC_3/USA300TCH1516_02193 | Aerobactin synthase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
AATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTGCC > USA300TCH1516_ALE/2317520‑2317700 | agtatgtaaaagtaaaattgcatgttaatacgtagtatgaagggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 2:1248052‑M2/1‑1 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 2:816638‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 2:563603‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 1:3279862‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 2:3493767‑M2/1‑1 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg > 1:1774492‑M2/91‑91 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacg < 2:2688864‑M2/1‑1 (MQ=255)agtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtaatcttaattgcgagactcatgagggagcagtgcgagtcgaagaccgaggctgagacg < 2:3573397‑M2/1‑1 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggtgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg > 2:1541313‑M2/90‑91 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg > 1:1046053‑M2/90‑91 (MQ=255) gtatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacgg > 1:3826414‑M2/90‑91 (MQ=255) tatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGc > 1:3117247‑M2/89‑91 (MQ=255) tatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGc > 1:3117367‑M2/89‑91 (MQ=255) tatgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGc < 2:1379549‑M2/3‑1 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGgcg < 2:2191229‑M2/4‑2 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa > 2:538017‑M2/88‑91 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa > 1:286582‑M2/88‑91 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa < 2:2612170‑M2/4‑1 (MQ=255) atgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCa < 1:3546440‑M2/4‑1 (MQ=255) tgtaagagtaaaattacatgttaatacgtagtcttaatggcgagacgcctgggggagcagtggcagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 2:527161‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc > 2:2318916‑M2/87‑91 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 1:536973‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtaaaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCAc < 1:2818569‑M2/5‑1 (MQ=255) ggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTa > 2:2161402‑M2/49‑91 (MQ=255) gagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAAttttactt > 1:1694612‑M2/33‑91 (MQ=255) gtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTaattttacttttaaa > 1:2627941‑M2/28‑89 (MQ=255) gtgccagtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACa > 1:2494293‑M2/28‑91 (MQ=255) agtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtt > 1:46497‑M2/23‑91 (MQ=255) agtcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtt > 1:401964‑M2/23‑91 (MQ=255) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt > 1:2075190‑M2/21‑91 (MQ=255) tcgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATActtta > 1:1446592‑M2/21‑90 (MQ=255) tcgaagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACtttt > 1:2053919‑M2/21‑91 (MQ=255) ctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt < 2:2927319/91‑1 (MQ=31) ctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt < 2:194819/91‑1 (MQ=31) ctcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt < 1:1169305/91‑1 (MQ=31) tcAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTa < 1:166538/91‑1 (MQ=32) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATactttaa > 2:2918827‑M2/20‑89 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATactttaa > 2:3107042‑M2/20‑89 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATactttga > 1:583049‑M2/20‑89 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATactttga > 1:2448415‑M2/20‑89 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATactttga > 1:3844973‑M2/20‑89 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATactttaa > 1:2447200‑M2/20‑89 (MQ=255) cgaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTCACTTTTACATACTTTTa > 1:3723989‑M2/20‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaaa > 2:2191817‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaaa > 2:1164387‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaa > 2:1906755‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaa > 1:2787202‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaa > 1:2734383‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAAtactttgaa > 1:2848136‑M2/19‑88 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAAtactttaaa > 2:1540751‑M2/19‑88 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAAtactttaaa > 2:1021722‑M2/19‑88 (MQ=255) gaagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCATCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACGTTTAAAGACTTTGaa > 2:3435943‑M2/19‑91 (MQ=255) gaagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAatacttaaaa > 1:520195‑M2/19‑87 (MQ=255) gaagaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAatacttaaaa > 1:59051‑M2/19‑87 (MQ=255) gaagaccaaggctgagacGGCAATGCTCCCTCAGGAGTCCCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAAATTTACTTTGAAATACTTTTaa > 2:1307579‑M2/19‑91 (MQ=255) cAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaa < 2:2215144/91‑1 (MQ=33) cAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaa < 2:2954589/91‑1 (MQ=33) aagaccgaggctgagactGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTACTACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaa > 2:237925‑M2/19‑91 (MQ=255) aagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaaaa > 1:607386‑M2/18‑91 (MQ=255) aagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaaaa > 1:607529‑M2/18‑91 (MQ=255) aagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTaaaa > 1:212116‑M2/18‑91 (MQ=255) aagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAATTTaaaa > 1:1962359‑M2/18‑91 (MQ=255) aagaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTaaaa > 1:3836843‑M2/18‑91 (MQ=255) gcgtCGGTCTTCGACGGGCACTGCTCCCTCAGGGGTCTCGCCGAGAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaa < 2:3538095/88‑1 (MQ=11) agaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaa > 1:1551143‑M2/17‑91 (MQ=255) agaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCAATAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAaaaa > 2:3058711‑M2/17‑91 (MQ=255) agaccaaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATCAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTTaaaa > 1:3243193‑M2/17‑91 (MQ=255) gaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaaa > 2:2987397‑M2/16‑91 (MQ=255) gaccgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTaaaaaa > 2:3744469‑M2/16‑91 (MQ=255) ccTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaaa > 2:1241767/1‑91 (MQ=33) ccTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaaa > 1:1406081/1‑91 (MQ=34) ccTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTCTTaaaaa > 2:3711361/1‑91 (MQ=18) accgaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaaaaaa > 1:3034353‑M2/15‑91 (MQ=255) tCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAAt < 1:1551315/91‑1 (MQ=34) tCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAAt < 1:2686054/91‑1 (MQ=34) cGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATa < 1:2249350/91‑1 (MQ=34) ggTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATaa < 1:2028266/91‑1 (MQ=34) ggTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATaa > 1:377800/1‑91 (MQ=34) gaggctgagacGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTTAAAAAATAAg > 1:3471498‑M2/12‑91 (MQ=255) gTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTCTTAACATGTAATTTTACCTTTACATACTTTTAAAAAATAAg > 2:135286/1‑91 (MQ=255) gTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAg < 2:2856753/91‑1 (MQ=35) gTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAg < 2:3470094/91‑1 (MQ=35) cTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGac > 1:2229384/1‑91 (MQ=37) cTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGac > 1:2249276/1‑91 (MQ=37) cTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGac < 1:2908068/91‑1 (MQ=37) tCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGacac > 1:3003589/1‑91 (MQ=37) tCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGacac > 1:1308059/1‑91 (MQ=37) tCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGacac < 2:634705/91‑1 (MQ=37) tCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGacac < 1:3496206/91‑1 (MQ=37) cGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACt > 2:2040156/1‑91 (MQ=37) cGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACt < 1:700337/91‑1 (MQ=37) cGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTCTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACt > 2:3627758/1‑91 (MQ=37) aCTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACttt > 1:275710/1‑91 (MQ=37) cTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGACACTTTg < 1:528289/91‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |