| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380474 | 153 (0.750) | 24 (0.140) | 9/132 | NT | 15.3% | intergenic (+147/+40) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380492 | 140 (0.840) | intergenic (+165/+22) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
TTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2380372‑2380474‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagccataaaagCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAAAA < USA300TCH1516_ALE/2380492‑2380403 TTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAA < 1:521672/91‑1TTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAA > 1:2071836/1‑91TTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAA < 2:106460/91‑1 TATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAA < 2:3851437/91‑1 TATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAA > 2:1366035/1‑91 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CGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGC < 1:1570029/91‑1 CGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGC > 1:2381476/1‑91 GGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCC > 1:3895022/1‑91 aATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCA > 1:182790/2‑91 GATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCA > 2:2696039/1‑91 GATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCA > 2:2698855/1‑91 ATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT < 2:1622206/91‑1 ATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT < 1:2668077/91‑1 ACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAA > 1:5438/1‑91 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TTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTA < 2:173389/91‑1 TAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTAT < 1:3274691/91‑1 ATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTT < 1:3913656/91‑1 TCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTT < 1:1530923/91‑1 AAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGA < 2:3423989/91‑1 AAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTATTCGAT > 2:2786784/1‑91 tAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATG < 2:3163824/90‑1 AAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATG < 2:3294624/91‑1 AAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATG < 1:2803666/91‑1 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TAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAA > 2:2019464/1‑91 TAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAA > 2:3522444/1‑91 AAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAAT > 1:2593707/1‑91 AAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAAT < 2:332375/91‑1 AAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAACTTTGGAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGCGTTAATA > 2:1917504/1‑91 AAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATA < 1:2051542/91‑1 AAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGCGTTAATA > 1:1954462/1‑91 AGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAAA < 1:702262/91‑1 AGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAAA < 1:3233670/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |