| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380474 | 153 (0.750) | 24 (0.140) | 9/132 | NT | 15.3% | intergenic (+147/+40) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380492 | 140 (0.840) | intergenic (+165/+22) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
ATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTAC > USA300TCH1516_ALE/2380384‑2380564 | aacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATAAAag < 2:364356‑M1/14‑1 (MQ=255)aTGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAG < 2:2421236‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCTCGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagtag > 2:1273475/1‑91 (MQ=255) gggAAGGCCGGTATGGTTTTATTAACACATCGAATAGGTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagtag < 2:3834001/89‑1 (MQ=255) tGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAGGTAGTCAat < 2:1648690/91‑1 (MQ=255) tGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAat < 2:1637032/91‑1 (MQ=255) gCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAata < 1:3541265/91‑1 (MQ=255) gCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAata > 1:3749323/1‑91 (MQ=255) tATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATg > 2:2818124/1‑91 (MQ=255) aTTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGa > 1:3840550/1‑91 (MQ=255) aTTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGa < 1:3700535/91‑1 (MQ=255) tGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAcc < 2:1925852/91‑1 (MQ=255) gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgacta < 1:1943227‑M1/91‑19 (MQ=255) agtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactatacgatagataatatAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 2:3546018‑M1/60‑91 (MQ=255) agtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:690419‑M1/60‑91 (MQ=255) agtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:243869‑M1/60‑91 (MQ=255) agtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:1648193‑M1/60‑91 (MQ=255) taatatatgagattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAGAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCt > 2:1893011‑M1/58‑91 (MQ=255) tattaACGCATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttt > 1:1954462‑M2/1‑87 (MQ=255) tattaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttt < 1:2516604‑M1/91‑23 (MQ=255) tattaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttt < 1:2516758‑M1/91‑23 (MQ=255) tattaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttt < 1:2051542‑M2/91‑5 (MQ=255) atagatgaagttttttttactttaaaaaagcgattcactaatcggtagataatctAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCttt > 2:2624243‑M1/56‑91 (MQ=255) ttaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGctttta > 2:2019464‑M2/1‑85 (MQ=255) taACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttat > 1:3368948‑M2/1‑84 (MQ=255) taACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttat < 2:3585692‑M2/91‑8 (MQ=255) aaCACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatg < 1:1165247‑M2/91‑9 (MQ=255) aaCACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatg > 2:2255712‑M2/1‑83 (MQ=255) acacATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatgg > 1:1497249‑M2/1‑82 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 2:1710941‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAA‑GTAGTCAATATCATGACCGcttttatggct < 2:257393‑M2/91‑12 (MQ=255) tCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggctttt < 2:3423989‑M2/91‑15 (MQ=255) cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 1:555873/1‑91 (MQ=255) cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 2:2436183/1‑91 (MQ=255) aTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtata < 2:2132926/91‑1 (MQ=255) aTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtata > 2:3255622/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta < 2:506073/91‑1 (MQ=255) aaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtattat < 1:3069563/91‑1 (MQ=255) tCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatct < 1:1591418/91‑1 (MQ=255) cGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta < 1:2863137/91‑1 (MQ=255) cGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta < 1:1389749/91‑1 (MQ=255) cGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTGATATtatcta < 2:2547218/91‑1 (MQ=255) cGCACGGGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGGCCGCTTTTATGGCTTTTATATtatcta < 2:1555759/91‑1 (MQ=255) cACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATACtatctatc > 2:3353684/1‑91 (MQ=255) aCGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCg > 1:2798294/1‑91 (MQ=255) gTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGtt < 2:2295038/91‑1 (MQ=255) tGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGttt > 1:523068/1‑91 (MQ=255) aaaTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAg < 2:3405950/91‑1 (MQ=255) aTAAGTTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTg < 1:255160/91‑1 (MQ=255) aTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTg < 2:3661597/91‑1 (MQ=255) tAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGa < 2:1388346/91‑1 (MQ=255) aaGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGaa < 2:259771/91‑1 (MQ=255) aaGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGaa < 2:2180252/91‑1 (MQ=255) aGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAAt < 2:56809/91‑1 (MQ=255) ggTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATc < 1:2312313/91‑1 (MQ=255) ggTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATc < 2:2063161/91‑1 (MQ=255) gTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCGATCGTTTAGTGAATCg < 2:3237242/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 2:3736839/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 2:1535583/91‑1 (MQ=255) cTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtt < 2:1960022/91‑1 (MQ=255) aaaTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttt > 2:1254822/1‑91 (MQ=255) aTTTGAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttttt > 1:3896804/1‑91 (MQ=255) 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aaaGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtgttaata < 1:3772794‑M2/91‑70 (MQ=255) agtagtCAATATCATGACCGcttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtgttaataaa < 1:3708590‑M2/91‑72 (MQ=255) aGcggtcatgatattgactacttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtgttaataaa < 1:3233670‑M1/91‑90 (MQ=255) AGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTa > 1:1085099‑M1/1‑91 (MQ=255) gcggtcatgatattgactacttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtgttaataaaa < 2:2947417‑M1/91‑91 (MQ=255) gcggtcatgatattgactacttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtgttaataaaa < 1:1010090‑M1/91‑91 (MQ=255) | ATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTAC > USA300TCH1516_ALE/2380384‑2380564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |