| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2661788 = | 150 (0.740) | 30 (0.180) | 13/128 | NT | 18.4% | intergenic (‑181/‑140) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2661832 = | 146 (0.900) | intergenic (‑225/‑96) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2661893‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTT > USA300TCH1516_ALE/2661832‑2661921 tCCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATA < 2:3925587/90‑1ACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATA > 2:1829279/1‑91 CCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA > 1:3813989/1‑91 CCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA < 2:3173995/91‑1 CCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA > 2:935736/1‑91 CGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTAGGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAA < 2:3304518/91‑1 GATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAAT < 1:1474300/91‑1 ATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATTAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATA > 2:899707/1‑91 TATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATAT < 2:3218122/91‑1 TTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAG > 1:2094586/1‑91 TTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGT > 2:511255/1‑91 TTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGT > 1:1433883/1‑91 TAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCGCACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTG < 2:1124419/91‑1 TAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTG > 2:3654085/1‑91 TAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTG > 1:1261868/1‑91 AATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGT < 1:1703356/91‑1 AATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTGATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGT > 1:3416283/1‑91 AATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGCTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGT < 2:1192796/91‑1 ATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTG > 1:2770516/1‑91 ATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTG > 1:566061/1‑91 ATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTG > 1:666620/1‑91 ATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTG < 2:749046/91‑1 ATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTG < 2:1812691/91‑1 TTGTATTTTTAAATATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAGATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGA < 1:3950201/91‑1 TTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACTCTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGA < 2:2211274/91‑1 TTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGA > 1:3868010/1‑91 TGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGCATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGAT > 1:2900804/1‑91 TAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATCTACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTATTAAA > 2:2908083/1‑91 ATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACA > 1:1808211/1‑91 ACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAA > 1:2177032/1‑91 ACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAA > 1:3260534/1‑91 ACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAA > 1:2039231/1‑91 ACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAA > 2:1962999/1‑91 ATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACCTCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATA > 2:1158624/1‑91 ATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATA > 2:3789444/1‑91 ATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATA > 2:832794/1‑91 ATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATA > 2:1784188/1‑91 ATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATA > 1:2156650/1‑91 ATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATA > 1:335505/1‑91 ATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATA > 1:3213983/1‑91 TATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATAT > 1:3757813/1‑91 ATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATC > 1:1002132/1‑91 TTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGG > 1:1493492/1‑91 TTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGG > 2:855015/1‑91 TTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGT > 1:3631849/1‑91 TTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGT > 1:3100801/1‑91 TTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGT > 2:3083208/1‑91 TTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGT > 1:125979/1‑91 AAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATA > 1:1822339/1‑91 AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCT > 1:3633850/1‑91 AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCT > 2:2783132/1‑91 AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCT > 2:968672/1‑91 AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCT > 2:1204764/1‑91 AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCT < 2:3282716/91‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT < 2:3253286/91‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT < 1:1161116/91‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT > 2:2953059/1‑91 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT > 2:1125869/1‑91 ATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTT > 2:355425/1‑91 TATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAGTAAATCCCTTTA < 1:3046666/91‑1 TATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTA < 2:2556912/91‑1 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTAT < 2:3384061/91‑1 TAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATA > 1:3016412/1‑91 TAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATA > 2:437119/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 2:3709375/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA < 2:3272339/91‑1 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA < 2:990034/91‑1 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 1:3626397/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 1:3626545/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 1:923677/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 1:924950/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 2:1030771/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 1:3258041/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 2:1031085/1‑91 GTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACA > 2:1152200/1‑91 GTGTGATATACTAATTTAT‑ACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT > 2:406979/1‑91 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTATATATCGGTGTAATAAATCCCTTTTTACAT < 2:1991089/91‑1 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT < 2:1331368/91‑1 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT < 2:3961135/91‑1 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT > 1:2386072/1‑91 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT < 2:3087948/91‑1 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT < 2:1949276/91‑1 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT > 2:2030705/1‑91 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT > 2:2858569/1‑91 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACAT > 1:2693676/1‑91 TGTGATATACTAATTTAT‑ACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATA > 2:3922788/1‑91 GTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAATATTATTATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATA > 2:1806391/1‑91 GTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATA > 1:2489650/1‑91 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAG < 2:688159/91‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAG < 2:1535195/91‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAG < 2:1535951/91‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAG < 1:1913696/91‑1 GATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGG < 2:260699/91‑1 aATACTAGTTTATAACATCTATACATAATGTGAAAAAATTATTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAG < 2:3511118/90‑1 TATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAG > 1:2862503/1‑91 TATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAG < 1:121621/91‑1 ATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGT > 1:1855523/1‑91 TACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTT < 1:1061032/91‑1 TACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTT < 2:2346606/91‑1 TACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAAGTAAATATCGGTGTAATACATCCCTTTATACATAGGAGTT < 2:1482106/91‑1 ACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2661893‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTT > USA300TCH1516_ALE/2661832‑2661921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |