| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2661788 = | 150 (0.740) | 30 (0.180) | 13/128 | NT | 18.4% | intergenic (‑181/‑140) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2661832 = | 146 (0.900) | intergenic (‑225/‑96) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
TCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATA > USA300TCH1516_ALE/2661698‑2661878 | aactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagta < 2:2346606‑M1/1‑1 (MQ=255)aactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagta > 2:419006‑M1/91‑91 (MQ=255) actcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtat < 2:1972044‑M1/2‑1 (MQ=255) ctcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtata < 1:121621‑M1/3‑1 (MQ=255) acaTTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATA > 2:973866‑M1/1‑91 (MQ=255) ctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATca < 2:1535195‑M1/6‑1 (MQ=255) ctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATca < 1:281336‑M1/6‑1 (MQ=255) ctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATca < 2:688159‑M1/6‑1 (MQ=255) tatgtataaagggatttattacaccgatatttaataataatattaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATcac > 2:1806391‑M1/85‑91 (MQ=255) atgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATcaca > 2:1284639‑M1/84‑91 (MQ=255) atgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATcaca > 2:2858569‑M1/84‑91 (MQ=255) tgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCacac > 1:3258041‑M1/83‑91 (MQ=255) tgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCacac > 2:1030771‑M1/83‑91 (MQ=255) tgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCacac > 2:1152200‑M1/83‑91 (MQ=255) 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atatGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAAGATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTa < 2:949287/91‑1 (MQ=255) tGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGAc > 1:2673363/1‑91 (MQ=255) tGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGAc > 1:2935149/1‑91 (MQ=255) gCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACa > 1:1467143/1‑91 (MQ=255) cAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAa > 2:3259169‑M2/1‑90 (MQ=255) accgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACaa > 1:3100801‑M1/63‑91 (MQ=255) accgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACaa > 2:3083208‑M1/63‑91 (MQ=255) accgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACaa > 1:125820‑M1/63‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |