New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2748533 | 180 (0.880) | 4 (0.020) | 4/136 | NT | 2.3% | coding (140/444 nt) | hmoB | Heme‑degrading monooxygenase HmoB |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2748555 | 190 (1.100) | coding (118/444 nt) | hmoB | Heme‑degrading monooxygenase HmoB | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTAATGCTTTAAATCCATCAACGTTTTTTAAATGCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2748432‑2748533 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaatgatttaTCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAATAAG < USA300TCH1516_ALE/2748555‑2748466 TTAATGCTTTAAATCCATCAACGTTTTTTAAATGCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATA > 1:140541/1‑91 TTAATGCTTTAAATCCATCAACGTTTTTTAAATGCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATA < 2:2888736/91‑1 TTAATGCTTTAAATCCATCAACGTTTTTTAAATGCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATA < 2:3874957/91‑1 TTAATGCTTTAAATCCATCAACGTTTTTTAAATGCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATA > 2:3290103/1‑91 TTAATGCTTTAAATCCATCAACGTTTTTTAAATGCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAAGGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATA > 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ATTTATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAA > 2:34826/1‑91 TTTATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAAT < 2:3818277/91‑1 TTTATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAAT > 1:1939003/1‑91 TTTATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAAT > 2:536049/1‑91 TTTATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAAT < 1:3074344/91‑1 TTTATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAAT > 2:756830/1‑91 TTATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAATA < 2:365852/91‑1 TTATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAATA > 1:3570307/1‑91 TATCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAATAA > 2:1625543/1‑91 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TTAATGCTTTAAATCCATCAACGTTTTTTAAATGCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2748432‑2748533 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaatgatttaTCAAATGATTCATTATGTGTGTTAAATCATTTATATATTAACGAAGGACAAGAAGAAACATTCGAGCAAAAATTTTTGCGACGTAATAAG < USA300TCH1516_ALE/2748555‑2748466 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |