| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2748533 | 180 (0.880) | 4 (0.020) | 4/136 | NT | 2.3% | coding (140/444 nt) | hmoB | Heme‑degrading monooxygenase HmoB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2748555 | 190 (1.100) | coding (118/444 nt) | hmoB | Heme‑degrading monooxygenase HmoB | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTATTACATA > USA300TCH1516_ALE/2748465‑2748645 | gCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGa > 1:2186307/1‑91 (MQ=255) cTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAt > 2:555219‑M2/1‑90 (MQ=255) cTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAt < 1:1344001‑M2/91‑2 (MQ=255) cTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAt < 1:845219‑M2/91‑2 (MQ=255) cTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAt < 1:2910265‑M2/91‑2 (MQ=255) ttattaCGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAta < 1:599253‑M2/91‑3 (MQ=255) attaCGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAtaaa > 2:756830‑M2/1‑87 (MQ=255) attaCGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAtaaa > 2:536049‑M2/1‑87 (MQ=255) attaCGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAtaaa < 2:3818277‑M2/91‑5 (MQ=255) attaCGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAtaaa > 1:1939003‑M2/1‑87 (MQ=255) taCGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAtaaatc < 2:859887‑M2/91‑7 (MQ=255) gTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAtaaatcatt < 2:2361844‑M2/91‑10 (MQ=255) gCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATCAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTCAtaaatcatttat < 1:3956349‑M2/91‑13 (MQ=255) cAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATc < 1:1573342/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCg < 1:527201/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGc > 2:361527/1‑91 (MQ=255) aTTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATCTATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAACTCATTTATCGCTTc > 2:1495061/1‑91 (MQ=255) aTTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTc > 2:2280863/1‑91 (MQ=255) tttttGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCt > 1:2955025/1‑91 (MQ=255) tttttGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCt > 1:2666713/1‑91 (MQ=255) tttttGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCt > 1:2355974/1‑91 (MQ=255) tttttGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCt < 1:2312991/91‑1 (MQ=255) tttGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGATTCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAg < 2:3448047/91‑1 (MQ=255) ttGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGc > 2:1577743/1‑91 (MQ=255) ttGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGc > 1:411229/1‑91 (MQ=255) tGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGca > 1:1272855/1‑91 (MQ=255) tCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACAt < 1:3220802/91‑1 (MQ=255) gAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCg > 1:2924046/1‑91 (MQ=255) aaTGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGt < 1:692720/91‑1 (MQ=255) aTGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTAAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTa > 1:3331788/1‑91 (MQ=255) gTTTCATCGTGTCCGTCGTTGATATATAAATGATTTAACACGCATAATGAATCATTTGATAAAACATTTATCGCTTCTTGCACATCGTaag < 2:2183293/91‑2 (MQ=255) ttcttcTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAatat > 1:2803811/1‑91 (MQ=255) tcttctTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAatata > 2:3951299/1‑90 (MQ=255) tcttctTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATg > 2:2399576/1‑91 (MQ=255) tcttGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAg > 1:3838778/1‑91 (MQ=255) ttGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAgtg < 1:2168143/91‑1 (MQ=255) tGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAgtgt < 1:1392336/91‑1 (MQ=255) gTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTc > 1:2571127/1‑91 (MQ=255) gTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTc < 2:1486819/91‑1 (MQ=255) gTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTc < 1:1509408/91‑1 (MQ=255) gTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTc < 1:1757627/91‑1 (MQ=255) gTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTc < 1:3809645/91‑1 (MQ=255) gTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTc < 1:2017636/91‑1 (MQ=255) tCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCa < 2:3736451/91‑1 (MQ=255) tCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCa < 2:267369/91‑1 (MQ=255) tCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCa < 2:3413009/91‑1 (MQ=255) tCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCa > 1:2477484/1‑91 (MQ=255) ccTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCat < 1:3719028/91‑1 (MQ=255) ccTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCat < 2:1972354/91‑1 (MQ=255) ccTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCat < 2:1710952/91‑1 (MQ=255) ccTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCat < 2:3174799/91‑1 (MQ=255) ccTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCat > 2:1130082/1‑91 (MQ=255) cTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCatt < 2:3244634/91‑1 (MQ=255) gTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTAttt < 1:904394/91‑1 (MQ=255) tAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTAttttt > 1:1460676/1‑91 (MQ=255) tAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCACTAttttt > 2:3500585/1‑91 (MQ=255) aaTATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTAtttttt < 1:3636757/91‑1 (MQ=255) atataGATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAGATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGGGTCATTATTTTTTTGt < 2:2925062/91‑1 (MQ=255) atataAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGAtaaatcatttatatattaacgaaggacaagaagaaacattcgagcaaaaattttt < 2:1171608‑M2/91‑56 (MQ=255) tataAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTATTGTa > 2:3199161/1‑91 (MQ=255) ataAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTAt > 1:2526939/1‑91 (MQ=255) taAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTAtt > 2:3757807/1‑91 (MQ=255) taAACGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTAtt > 1:3123887/1‑91 (MQ=255) aaTGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATtgt > 1:2601202/1‑91 (MQ=255) tGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTCTtgttt > 2:221487/1‑89 (MQ=255) tGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTga < 2:192232/91‑1 (MQ=255) tGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTga < 2:728011/91‑1 (MQ=255) gATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTgag < 2:2132819/91‑1 (MQ=255) gATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTgag > 2:1660701/1‑91 (MQ=255) gATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTgag > 2:2760980/1‑91 (MQ=255) tttAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGAc > 2:2326628/1‑91 (MQ=255) ttAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACa > 1:2685836/1‑91 (MQ=255) ttAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTATATTGTGAGACa > 2:3290586/1‑91 (MQ=255) tAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACaa < 2:1269038/91‑1 (MQ=255) tAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACaa < 1:3200643/91‑1 (MQ=255) tAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACaa < 2:2118742/91‑1 (MQ=255) aaCACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAat > 1:2096280/1‑91 (MQ=255) acacacATAATGAATCATTTGATAAATCATTTACCGCCTCTAGCACCTCGTAATATGCACTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAatc > 1:3160718/1‑91 (MQ=255) cacacaTAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTTTGAGACAatca > 2:1612424/1‑91 (MQ=255) cacacaTAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAatca > 1:3410133/1‑91 (MQ=255) acacaTAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAatcat < 1:3019019/91‑1 (MQ=255) cacaTAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAatcatc > 2:414562/1‑91 (MQ=255) cacaTAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAatcatc > 1:2514488/1‑91 (MQ=255) tAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGt > 1:1118606/1‑91 (MQ=255) tAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGt < 2:2075791/91‑1 (MQ=255) aaTGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCCGtt > 1:2459634/1‑91 (MQ=255) tGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGttct < 1:2567405/91‑1 (MQ=255) gAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTTTTAGACAATCATCCAGttctt > 2:3827861/1‑91 (MQ=255) gAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGttctt > 1:3442882/1‑91 (MQ=255) aTCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTtcttct > 2:128791/1‑91 (MQ=255) aTCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTtcttct > 1:1853643/1‑91 (MQ=255) aTCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTtcttct > 1:3203412/1‑91 (MQ=255) tCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTa < 2:3688469/91‑1 (MQ=255) tCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTa > 1:272307/1‑91 (MQ=255) cATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTATTCTAt > 2:257304/1‑91 (MQ=255) aTTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTAtt < 2:3270370/91‑1 (MQ=255) ttGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTATTAc > 1:1260532/1‑91 (MQ=255) ttGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTATTAc < 1:1035710/91‑1 (MQ=255) gATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTATTACAt > 2:3527956/1‑91 (MQ=255) aTAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTATTACATa > 2:2439575/1‑91 (MQ=255) | GCTTATTACGTCGCAAAAATTTTTGCTCGAATGTTTCTTCTTGTCCTTCGTTAATATATAAATGATTTAACACACATAATGAATCATTTGATAAATCATTTATCGCTTCTAGCACATCGTAATATGCAGTGTCATTATTTTTTTGTATTGTGAGACAATCATCCAGTTCTTCTATTACATA > USA300TCH1516_ALE/2748465‑2748645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |