| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2857675 = | 196 (0.960) | 5 (0.030) | 4/140 | NT | 3.0% | intergenic (+71/‑172) | nixA/nhoA | High‑affinity nickel‑transport protein NixA/N‑hydroxyarylamine O‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2857737 = | 157 (0.880) | intergenic (+133/‑110) | nixA/nhoA | High‑affinity nickel‑transport protein NixA/N‑hydroxyarylamine O‑acetyltransferase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2857774‑2857675‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgagagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTA > USA300TCH1516_ALE/2857737‑2857826 GCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑T > 2:1114896/1‑91 CATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TG < 2:988964/91‑1 CATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TG > 1:3217821/1‑91 ATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGA > 2:1504517/1‑91 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1:2100385/1‑91 GAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAG > 2:3695479/1‑91 GAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAG > 1:1455008/1‑91 GAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAG > 1:2767344/1‑91 AATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGC > 1:737589/1‑91 ATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCG > 1:3161909/1‑91 ATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCG > 2:1548638/1‑91 ATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCG < 1:701339/91‑1 ATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCG > 2:715155/1‑91 ATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCG > 2:759497/1‑91 TTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGT < 1:2994368/91‑1 TTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGT > 1:268588/1‑91 TTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGTA < 2:2278182/91‑1 TTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGTA < 2:1121535/91‑1 TTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGTA < 2:1806459/91‑1 TACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGCATTTATCCAAA > 1:3579854/1‑91 ACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAA > 2:3150978/1‑91 CTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTC > 1:966497/1‑91 TCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTAC‑‑‑‑TGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAAT > 1:218620/1‑91 CATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGA > 2:339285/1‑91 TGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTA > 2:252675/1‑91 TGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTA < 2:1620723/91‑1 TGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTA < 2:134816/91‑1 GAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTAT > 1:1413104/1‑91 GAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTAT < 2:1168504/91‑1 GAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTAT > 2:3934067/1‑91 GAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTAT > 1:2230691/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |