New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2857675 = | 196 (0.960) | 5 (0.030) | 4/140 | NT | 3.0% | intergenic (+71/‑172) | nixA/nhoA | High‑affinity nickel‑transport protein NixA/N‑hydroxyarylamine O‑acetyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2857737 = | 157 (0.880) | intergenic (+133/‑110) | nixA/nhoA | High‑affinity nickel‑transport protein NixA/N‑hydroxyarylamine O‑acetyltransferase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2857647‑2857827 | gACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTAt > 1:3896771/1‑91 (MQ=255) gACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTAt > 2:2662169/1‑91 (MQ=255) gACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTAt < 2:375943/91‑1 (MQ=255) acacCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTAtt > 2:3871071/1‑91 (MQ=255) cccTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTAttttt > 2:1178069/1‑91 (MQ=255) cccTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTAttttt < 1:2167999/91‑1 (MQ=255) ccTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTc < 2:2928685/91‑1 (MQ=255) ccTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATATTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTc < 2:3473268/91‑1 (MQ=255) cTGCACACTTCTTCCATTATGCTACTCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCt < 1:3677158/91‑1 (MQ=255) cTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCt < 1:2066725/91‑1 (MQ=255) gCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTAt < 2:2932230/91‑1 (MQ=255) gCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTAt < 1:812067/91‑1 (MQ=255) cacaCTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTAtt > 2:3032686/1‑91 (MQ=255) acacTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTAttt > 2:311041/1‑91 (MQ=255) acTTCTTGCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTGTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTCTGAGAGCGAATTTTTCTATTTaa > 2:3672510/1‑91 (MQ=255) acTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTaa > 1:271606/1‑91 (MQ=255) cttcttCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTaaa < 1:899420/91‑1 (MQ=255) ttcttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTaaaa > 2:2524888/1‑91 (MQ=255) ttcttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTaaaa > 1:1438581/1‑91 (MQ=255) tcttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAAt > 2:1304306/1‑91 (MQ=255) cttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATg < 1:3559992/91‑1 (MQ=255) ttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGt > 2:1058034/1‑91 (MQ=255) ttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGt < 1:1724591/91‑1 (MQ=255) ttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGt < 1:264037/91‑1 (MQ=255) cATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTAtt < 2:2817621/91‑1 (MQ=255) aTTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTAttt < 1:2098571/91‑1 (MQ=255) ttATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTa < 2:3311154/91‑1 (MQ=255) gCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCa < 2:1753456/91‑1 (MQ=255) gCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCa < 1:1132896/91‑1 (MQ=255) cTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCaa < 2:146936/91‑1 (MQ=255) TACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCaaa < 2:1121535‑M1/91‑1 (MQ=255) TACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCaaa < 2:1806459‑M1/91‑1 (MQ=255) acgctctcaaaatgaagtcatctctaaaagaaacgatttaaagatgactactgagagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCaaaa > 2:3150978‑M2/62‑91 (MQ=255) ACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCaaaa > 1:268588‑M1/1‑91 (MQ=255) CGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAAt > 2:715155‑M1/1‑91 (MQ=255) CGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAAt > 1:3161909‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAAtt > 1:737589‑M1/1‑91 (MQ=255) CTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCaa > 1:2785222‑M1/1‑91 (MQ=255) CTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCaa > 2:1967933‑M1/1‑91 (MQ=255) TCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTACAATGTATTTATCCAAAATTCAAt < 2:3080635‑M1/91‑1 (MQ=255) cattagtCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATCTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATg > 2:769195/4‑91 (MQ=255) CAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATg > 1:3217821‑M1/1‑91 (MQ=255) gtagtCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCt > 1:3852873/1‑91 (MQ=255) agtCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCttt > 1:31402/1‑91 (MQ=255) catctctaaaagaaacgatttaaagatgacttcattttgagagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGa > 2:339285‑M2/48‑91 (MQ=255) cATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGa < 2:843031/91‑1 (MQ=255) tCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAAt > 1:65814/1‑91 (MQ=255) cTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAAtt < 1:3351155/91‑1 (MQ=255) tttAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAAttt > 2:2995972/1‑91 (MQ=255) tttAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTAGCGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAAttt < 2:2747518/91‑1 (MQ=255) ttAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTa > 1:3776278/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTa > 1:1302300/1‑91 (MQ=255) aaaTCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTaaa > 2:3422803/1‑91 (MQ=255) aaaTCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTaaa > 2:1368993/1‑91 (MQ=255) aaaTCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATCTTGAGAGCGTATTTTTCTCTTTAAAATGTATTTCTCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTaaa > 2:519574/1‑91 (MQ=255) aTCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAAt < 1:1194070/91‑1 (MQ=255) tCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAAtt < 2:3523814/91‑1 (MQ=255) tCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAAtt > 1:2519118/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAAtt > 2:2315476/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAAtt > 2:2690442/1‑91 (MQ=255) cGTTTCTTTTAGAGATTACTTCAGTTTGAGAGCGTATTTGTCTATTTAAATTGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAAttt < 2:3246386/91‑1 (MQ=255) cGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAAttt < 2:2402307/91‑1 (MQ=255) 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gagaTGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTg < 1:694855/91‑1 (MQ=255) gaTGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGtt > 2:362424/1‑91 (MQ=255) tGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTa < 2:2213650/91‑1 (MQ=255) gACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTaa < 1:3420695/91‑1 (MQ=255) aCTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTaaa > 1:767186/1‑91 (MQ=255) cTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTataa > 2:1531842/1‑91 (MQ=255) ttCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAAt > 1:2003972/1‑91 (MQ=255) tCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAAtt > 1:2305186/1‑91 (MQ=255) 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tttGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAAt < 2:1299002/91‑1 (MQ=255) gagagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATtat < 2:2367374‑M2/82‑1 (MQ=255) gagagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATtat > 2:3934067‑M2/10‑91 (MQ=255) gagagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATtat > 1:2230691‑M2/10‑91 (MQ=255) agagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATtata > 2:1558331‑M2/9‑91 (MQ=255) agagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATtata > 1:2903051‑M2/9‑91 (MQ=255) gagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATaa > 2:2076111‑M2/8‑91 (MQ=255) agcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAAt < 1:2412751‑M2/85‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |