| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 11951 = | 983 (1.070) | 61 (0.080) | 20/134 | NT | 7.5% | intergenic (+114/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 11987 = | 687 (0.900) | intergenic (+150/+73) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
CATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATTATGAGATTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/12053‑11951‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatgagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCAT > CP000731/11987‑12076 CATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATAT < 1:2532667/91‑1CATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATAT > 1:24047/1‑91CATTAGTGAAAAAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATAT < 2:3215777/91‑1 ATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTAGGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTCAAATCTCATAACAGGAAAATATT < 1:3157710/91‑1 ATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATT < 2:510101/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |