| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 11951 = | 983 (1.070) | 61 (0.080) | 20/134 | NT | 7.5% | intergenic (+114/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 11987 = | 687 (0.900) | intergenic (+150/+73) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1299 total aligned reads displayed.
ATGAATCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCT > CP000731/11861‑12041 | atgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatt > 1:3570547‑M1/91‑91 (MQ=255)atgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatt > 1:947778‑M1/91‑91 (MQ=255)atgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatt > 2:3287855‑M1/91‑91 (MQ=255) tGAATCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCtt > 2:3111589/1‑90 (MQ=255) gatgaagatacttaaaacgttcgttagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttatttcttgtgttattgtTaa < 2:2507099‑M1/3‑1 (MQ=255) atgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTaaa > 1:2041052‑M1/88‑91 (MQ=255) tCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAAt > 2:2387355/1‑91 (MQ=255) tCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGACTAAAAt > 2:3505111/1‑91 (MQ=255) gaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAt > 1:866953‑M1/86‑91 (MQ=255) aagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAtc < 1:3777232‑M1/7‑1 (MQ=255) aagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAtc > 2:3845194‑M1/85‑91 (MQ=255) tactaAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAAtct > 1:2350837/1‑91 (MQ=255) agatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAtct > 2:1129635‑M1/84‑91 (MQ=255) gatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAtctc > 1:1046555‑M1/83‑91 (MQ=255) actaAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAAtctc < 2:3150018/91‑1 (MQ=255) actaAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAAtctc < 1:1625673/91‑1 (MQ=255) actaAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAAtctc < 1:1523664/91‑1 (MQ=255) ctaAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCa > 2:757433/1‑91 (MQ=255) atacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCa > 1:2712343‑M1/82‑91 (MQ=255) tacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcatttttcttgtgttattatTAAAATCTCat < 2:37726‑M1/11‑1 (MQ=255) taAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCat < 2:2016407/91‑1 (MQ=255) taAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCat < 1:1225102/91‑1 (MQ=255) acttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCata > 2:2969495‑M1/80‑91 (MQ=255) aaaTAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCata > 2:20710/1‑91 (MQ=255) aaaTAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCata > 2:1808484/1‑91 (MQ=255) cttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCataa < 1:776634‑M1/13‑1 (MQ=255) cttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCataa < 2:1267897‑M1/13‑1 (MQ=255) aataatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCataa < 1:2777226/91‑1 (MQ=255) aatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAatat < 1:3316377/91‑1 (MQ=255) atTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAtt > 2:1603866/1‑91 (MQ=255) ttttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGGTTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAttt < 2:524651/91‑1 (MQ=255) tttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAtttt < 2:1664151/91‑1 (MQ=255) atatatCATTAACATACAAAGACTATGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCt > 2:816386/1‑91 (MQ=255) tatatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTg < 2:847120/91‑1 (MQ=255) atatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGt > 2:2662385/1‑91 (MQ=255) tatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATGATATTTTCCTGtt > 2:2233729/1‑91 (MQ=255) atCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTa < 2:480393/91‑1 (MQ=255) tCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTAt < 1:604564/91‑1 (MQ=255) tCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTAt > 2:1078442/1‑91 (MQ=255) tCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTAt > 2:2864475/1‑91 (MQ=255) tCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTAt < 2:2317449/91‑1 (MQ=255) gtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATga > 2:882564‑M1/63‑91 (MQ=255) aTTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATga < 1:1003000/91‑1 (MQ=255) tgaaacaggtattacattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATgag > 1:1826497‑M1/62‑91 (MQ=255) cATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCTTAATATTTTCCTGTTATGAGAttt > 2:1546171/1‑91 (MQ=255) cATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAttt < 1:2914795/91‑1 (MQ=255) cATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAttt < 2:1181259/91‑1 (MQ=255) acaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAttt > 2:682294‑M1/58‑91 (MQ=255) caggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAtttt > 1:393024‑M1/57‑91 (MQ=255) caggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTCTTATGAGAtttt > 1:3036908‑M1/57‑91 (MQ=255) aTACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAtttt < 2:3727212/91‑1 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTta < 1:513895/91‑1 (MQ=255) cAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaat > 2:1011033/1‑91 (MQ=255) cAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaat > 1:34065/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |