| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_012417 | = 3108 | 180 (0.090) | intergenic (‑434/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 473 total aligned reads displayed.
TAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAA‑A‑A‑CCCCAG‑‑‑T‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2980‑3077‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccccag‑‑‑tATTATTTAAGATTCGACACCTTAATAATATAACTGGGGTTTTTTATTGTCAAATTTTCCTTTCACGCACAAAAACACGTTTAAACACTGT < NC_012417/3108‑3019 TAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATA‑TACAGTGTTTAAAAGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAA‑A‑A‑C < 2:3245774/91‑1 AACTCGGTTTTATATATATAGCAGTAACGGTTTATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGGGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAA‑A‑A‑C < 2:3183392/91‑1 AACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAA‑A‑A‑C > 1:1540347/1‑91 AACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAA‑A‑A‑C > 1:2824999/1‑91 AACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAA‑A‑A‑C > 1:2911117/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |