| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_012417 | = 3077 | 1075 (0.510) | 47 (0.020) | 11/146 | NT | 7.5% | intergenic (‑403/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– |
| ? | NC_012417 | = 3108 | 180 (0.090) | intergenic (‑434/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 2907 total aligned reads displayed.
ATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2987‑3125 | aTTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGT < 1:1397761‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTtat < 2:2514628/91‑1 (MQ=255) tatatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTtata > 2:2221756/1‑91 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTAtatt > 1:709488/1‑91 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTAtatt > 2:3582475/1‑91 (MQ=255) tatatataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTAtatt > 2:3652320/1‑91 (MQ=255) 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atTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaata < 1:2816668/91‑1 (MQ=255) atTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaata < 2:2433560/91‑1 (MQ=255) gagTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACTAGAAAAA‑T‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAGTAATac > 1:3080297‑M2/2‑89 (MQ=255) gtgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATactg < 2:1055870‑M2/91‑5 (MQ=255) tgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATactgg > 1:2523758‑M2/1‑86 (MQ=255) tgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATactgg < 1:1179653‑M2/91‑6 (MQ=255) tgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATactgg < 2:3953887‑M2/91‑6 (MQ=255) tgtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAA‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATactgg < 1:1599062‑M2/91‑6 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |