| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 184 (0.900) | 18 (0.110) | 12/128 | NT | 10.8% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 151 (0.930) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/76076‑75971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCA > USA300TCH1516_ALE/76020‑76109 TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA < 1:578084/91‑1TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA > 2:2469696/1‑91TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAACTCAGTACGTTTACTAAAAAAATAAACAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA > 1:3156369/1‑91 tATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:2945557/90‑1 GATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG > 1:2531628/1‑91 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |