| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 184 (0.900) | 18 (0.110) | 12/128 | NT | 10.8% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 151 (0.930) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATT > USA300TCH1516_ALE/75881‑76061 | aGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAA < 2:1835176‑M1/91‑1 (MQ=255) agaTGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAA > 2:233256‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGC > 1:354838‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCC < 1:2572334‑M1/91‑1 (MQ=255) ctaacactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGcc < 1:2788231‑M1/8‑1 (MQ=255) taacactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCt > 2:3248959‑M1/83‑91 (MQ=255) gTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCT < 2:1183504‑M1/91‑1 (MQ=255) aacactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTa < 1:1605464‑M1/10‑1 (MQ=255) tACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 2:1923445‑M1/91‑1 (MQ=255) tACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:599442‑M1/91‑1 (MQ=255) tACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:363428‑M1/91‑1 (MQ=255) tACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:3657378‑M1/91‑1 (MQ=255) acactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTaa > 1:912947‑M1/81‑91 (MQ=255) cactttggttagctgttctaagtgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTaaa > 2:36063‑M1/80‑91 (MQ=255) 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aaaaGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttg < 1:3287223‑M1/91‑12 (MQ=255) aaaaGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAAt < 2:787370/91‑1 (MQ=255) aagaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCg > 2:3747562/1‑91 (MQ=255) agaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCga < 1:3005353/91‑1 (MQ=255) agTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagag > 2:3096712/1‑91 (MQ=255) agTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagag > 2:3361641/1‑91 (MQ=255) gTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaa < 2:1670297‑M1/91‑19 (MQ=255) gTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGa < 2:1778975‑M2/91‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |