| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 221178 = | 144 (0.710) | 31 (0.170) | 11/146 | NT | 17.9% | intergenic (‑224/+50) | ipdC/ptsG_1 | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase/PTS system glucose‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 221218 = | 153 (0.820) | intergenic (‑264/+10) | ipdC/ptsG_1 | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase/PTS system glucose‑specific EIICBA component | |||||
AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/221274‑221178‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtttATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > USA300TCH1516_ALE/221218‑221307 AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:3315617/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:2577676/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 2:1710316/91‑1AACATGGCAACATTGCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAAGGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:3143919/91‑1 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:1104410/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 1:252945/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 1:176012/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 1:2942200/91‑1 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 2:759120/91‑1 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 1:2171057/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 2:1294423/91‑1 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 2:1924500/91‑1 TGGCAACATTTCCTTTGGCGATCAATTCTTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 2:1576858/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 2:3414648/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:2899660/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:1233599/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACGATAAGCAGGTGCGTATACCTGCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:1234547/91‑1 TGGCAACAGTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 2:225030/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:2445758/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:3617437/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT > 1:2892315/1‑91 CAACCTTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACCATAAATAGCTGCGTATACGTACATAAGGTGACGCGCCTGTgtt > 2:3830493/1‑88 GCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATG > 2:1920757/1‑91 AACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGGGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCACATGTAATGTTGCC > 1:2134315/1‑91 ACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCA > 1:285191/1‑91 GCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCA > 2:2260454/1‑91 GCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCA > 2:2985632/1‑91 GCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCA > 1:1451224/1‑91 GCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCA > 1:2969912/1‑91 GCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCA > 2:421797/1‑91 GTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACC > 1:998838/1‑91 GTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACC > 1:3442780/1‑91 GTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACC > 1:143522/1‑91 TATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCT > 2:923389/1‑91 ATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTT > 1:2319570/1‑91 TACCTTCATATGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 2:272123/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTcg > 2:1738893/1‑89 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 2:3368644/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:1076088/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:1076189/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:2284489/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:3356491/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:2346128/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 1:3356223/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTCTTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:3343839/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 2:990163/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:109337/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:1256385/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:2270937/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTT > 1:647483/1‑91 CCTTCATAAGGTGACGCGCCTGATTATAGTAAGCATTATTTATCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTACCATGGTCACCTTGTT > 2:3940830/1‑91 CTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTT > 1:702766/1‑91 TTCATAAGGTGACGCACCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTA > 1:2787842/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATACTTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGCTCACCTTGTTTAAAATCAAGGATGGTAA > 2:2481175/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:1757834/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 1:1034282/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 1:24580/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 2:192575/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 1:1338574/1‑91 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 1:1339507/1‑91 CTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAAT > 2:2089590/1‑91 ttacTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACATTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG > 1:343794/5‑91 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG > 1:3816033/1‑91 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG > 2:2833004/1‑91 TGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGGTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATG < 2:825290/91‑1 GTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTTATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGT > 2:2696951/1‑91 GTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGT > 2:1505916/1‑91 GTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGT < 2:1656072/91‑1 TTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTT < 1:2673663/91‑1 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:1483854/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 1:2269583/91‑1 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 2:657386/91‑1 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:3859897/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGATTAAAATCAAGGTTTGTAACGTTTC > 1:3678908/1‑91 AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/221274‑221178‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtttATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > USA300TCH1516_ALE/221218‑221307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |