| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 260294 | 153 (0.750) | 11 (0.060) | 5/138 | NT | 7.7% | intergenic (‑408/‑180) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 260312 | 131 (0.750) | intergenic (‑426/‑162) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/260194‑260294‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtgtaacagTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTGTTT < USA300TCH1516_ALE/260312‑260223 TTTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGT > 2:638872/1‑91 TTAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTT < 2:1008089/91‑1 TAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTG < 2:3605298/91‑1 TAACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTG < 2:3600899/91‑1 AACGCTTATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGT < 1:2358671/91‑1 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AACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT < 1:1969767/91‑1 AACAAATATATACGCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT < 2:3244228/91‑1 CAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT < 2:45280/91‑1 CAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT < 1:2363190/91‑1 CAAATATATACGCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATGCTGT < 2:322562/91‑1 AAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTT < 2:2424502/91‑1 AATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTA < 2:1402724/91‑1 TTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTAT < 1:1805788/91‑1 TTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTAT < 1:3501614/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/260194‑260294‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtgtaacagTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAACAGTTATAATGTTCACTATTTTCATTGCTTTAAAAGTTAATTTAGGAGTATATATTTGTTT < USA300TCH1516_ALE/260312‑260223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |