| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 260294 | 153 (0.750) | 11 (0.060) | 5/138 | NT | 7.7% | intergenic (‑408/‑180) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 260312 | 131 (0.750) | intergenic (‑426/‑162) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
ATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAA > USA300TCH1516_ALE/260204‑260384 | aTCAACAATCGTTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG < 2:1634352‑M1/91‑1 (MQ=255)aTCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG < 2:975394‑M1/91‑1 (MQ=255)aTCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG > 2:2205424‑M1/1‑91 (MQ=255)aTCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAG < 2:3441686‑M1/91‑1 (MQ=255) caacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGaa < 1:1299869/91‑1 (MQ=255) caacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGaa > 2:3300622/1‑91 (MQ=255) aacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAAt > 1:2872806/1‑91 (MQ=255) aacaaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAAt < 1:3558505/91‑1 (MQ=255) caaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGc > 1:684913/1‑91 (MQ=255) aaTCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCa > 2:3575767/1‑91 (MQ=255) tCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAAt < 2:1667837/91‑1 (MQ=255) cATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAAtt < 1:1510762/91‑1 (MQ=255) ttttttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAg > 1:2674925/1‑91 (MQ=255) tttttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGc < 1:1636225/91‑1 (MQ=255) tttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCat < 1:3301494/91‑1 (MQ=255) ttATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCata > 2:1560552/1‑91 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat < 2:3579992/91‑1 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat < 2:2607944/91‑1 (MQ=255) tataAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCatat < 1:2655432/91‑1 (MQ=255) tcacataaattatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGAAACAGAATGCAATTAGCATATTACt > 2:3070876‑M1/61‑91 (MQ=255) aaCAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTAct < 1:3203179‑M2/91‑3 (MQ=255) aaCAAATATATACGCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattct < 2:3244228‑M1/91‑21 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattctgt < 1:2363190‑M1/91‑23 (MQ=255) cAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgt > 1:1081267‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattctgtt < 2:2424502‑M1/91‑24 (MQ=255) aaaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtt > 2:1165013‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaTATATACTCCTAAATTAACTTTGAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtt > 1:338076‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGtaatatgctaattgcattctgtta < 2:1402724‑M1/91‑25 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta < 1:2083194‑M2/91‑7 (MQ=255) aaTATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTACAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgtta > 2:3246783‑M2/1‑85 (MQ=255) attatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAGTGCAATTAGCATATTACTGTTAcaca > 2:2243189‑M1/53‑91 (MQ=255) ttatgtacaattttcatcaaatgtatgtcaaaacatagaaactgtactaatTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaa > 1:1533310‑M1/52‑91 (MQ=255) ataCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaa < 1:2404673‑M2/91‑12 (MQ=255) ataCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaa < 1:96189‑M2/91‑12 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa > 1:942872/1‑91 (MQ=255) taCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACaaa > 2:409352/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAt < 2:2447045/91‑1 (MQ=255) cTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAtt > 2:2542631/1‑91 (MQ=255) cTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAAtt > 2:1997145/1‑91 (MQ=255) tAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTa > 2:3127434/1‑91 (MQ=255) tAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTa < 2:1805196/91‑1 (MQ=255) tAAATTAAAGTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTa < 2:38666/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTAc < 1:1257724/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTTAAGGCAATGAAAATCGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATGAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGt < 2:3022260/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGt < 1:1467036/91‑1 (MQ=255) tcaaCTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATATCCGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGt > 2:458970/3‑91 (MQ=255) tAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAGCATTATAACTGTTGTGTAACAGAAGGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGtt < 2:2553059/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt > 1:550802/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt < 1:793583/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCt < 2:709576/91‑1 (MQ=255) aaaGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGtt < 1:3648338/91‑1 (MQ=255) aaGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGttt < 2:852864/91‑1 (MQ=255) gCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTg > 2:1912488/1‑91 (MQ=255) cAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAGTTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGa < 1:3140629/91‑1 (MQ=255) cAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGa < 2:2836190/91‑1 (MQ=255) aaTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACTGTTTCTATGTTTTGac > 2:3788681/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca > 1:2274442/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGaca < 1:3789387/91‑1 (MQ=255) tGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacat > 2:3879398/1‑91 (MQ=255) gAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacata < 1:570415/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacataca > 2:1742644/1‑91 (MQ=255) aaTAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGacatacat > 1:2746772/1‑91 (MQ=255) gAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTtgatg < 1:3869208/91‑1 (MQ=255) cATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGaaa > 2:519672/1‑91 (MQ=255) ttATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAAt < 1:638872/91‑1 (MQ=255) ataACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTg < 2:1038396/91‑1 (MQ=255) ataACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTg < 2:2222724/91‑1 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt > 2:3323569/1‑91 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt > 1:1681439/1‑91 (MQ=255) taACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGt > 1:897527/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTa > 1:2303067/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTa > 1:2941119/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc > 2:2361742/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc > 2:2164308/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc > 2:572238/1‑91 (MQ=255) aCTGTTGAGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTAc < 1:1972225/91‑1 (MQ=255) cTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACa < 1:1912355/91‑1 (MQ=255) tgttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACAt < 1:3723456/91‑1 (MQ=255) gttgtGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATa > 1:2538955/1‑91 (MQ=255) ttgtGTAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtat < 1:1805788‑M1/91‑81 (MQ=255) ttgtGTAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtat < 1:3499334‑M1/91‑81 (MQ=255) ttgtGTAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtat < 1:3501614‑M1/91‑81 (MQ=255) TTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATaa < 2:108705‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAAt < 1:1077360‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAAt < 1:1318882‑M1/91‑1 (MQ=255) gtAACAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatat > 1:1906741‑M1/1‑7 (MQ=255) tagcagtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatt < 1:2082916‑M1/88‑86 (MQ=255) aaCAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatattt > 1:464728‑M1/1‑5 (MQ=255) aCAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttg > 1:722776‑M1/1‑4 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt < 2:1432204‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt > 2:3196712‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGGTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAtgt > 1:3963092‑M1/1‑91 (MQ=255) cAGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatataattga < 2:461691‑M1/91‑89 (MQ=255) aGtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgtt < 1:3203008‑M1/91‑90 (MQ=255) aGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgtt < 2:465437‑M2/91‑72 (MQ=255) aGAATGCAATTAGCATATTActgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgtt < 1:1969767‑M2/91‑72 (MQ=255) AGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGa > 2:147035‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGa > 2:63687‑M1/1‑91 (MQ=255) gtaatatgctaattgcattctgttacacaacagttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgttt < 2:1347506‑M1/91‑91 (MQ=255) gtaatatgctaattgcactctgttacacaacatttataatgttcactattttcattgctttaaaagttaatttaggagtatatatttgttt < 1:3381078‑M1/91‑91 (MQ=255) | ATCAACAATCATTTTTTATAAACAAATATATACTCCTAAATTAACTTTTAAAGCAATGAAAATAGTGAACATTATAACTGTTGTGTAACAGAATGCAATTAGCATATTACTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAA > USA300TCH1516_ALE/260204‑260384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |