| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 705329 | 167 (0.820) | 17 (0.090) | 10/142 | NT | 9.5% | intergenic (+1079/+81) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 705368 | 175 (0.970) | intergenic (+1118/+42) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/705231‑705329‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgttgatgCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < USA300TCH1516_ALE/705368‑705279 ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTA < 2:703013/91‑1ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTA > 2:3733912/1‑91ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTA > 1:16702/1‑91 TATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTAT > 2:948148/1‑91 TATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTAT > 2:289805/1‑91 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGCTATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG > 2:1383969/1‑91 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG > 2:1383930/1‑91 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG < 1:494451/91‑1 TCGTGTGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 2:2451174/1‑91 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGGGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 2:2975332/91‑1 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 1:3769811/1‑91 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 1:773462/91‑1 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 1:1610260/1‑91 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 1:2155529/91‑1 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TTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATC < 1:3578521/91‑1 ACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAAC < 1:3269141/91‑1 ACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAAC < 1:3270662/91‑1 ACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAAC < 2:2790843/91‑1 AGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCT < 2:2070367/91‑1 ATGTTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGC < 1:3298954/91‑1 TGTTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG < 2:1708680/91‑1 TGTTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG > 2:2324542/1‑91 TGTTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG > 2:2324543/1‑91 TTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTT > 1:1447059/1‑91 TTGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTT > 1:2021577/1‑91 TGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTA > 1:1193557/1‑91 TGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTA < 2:1095746/91‑1 TGATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTA > 1:1193407/1‑91 GATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAA > 1:497516/1‑91 ATGCAA‑‑CCTAAAATCTTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAA < 1:1297941/91‑1 ATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAA < 2:125216/91‑1 ATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAA < 1:1297866/91‑1 ATGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAACTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAA > 1:3243440/1‑91 TGCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAAT < 2:2739992/91‑1 GCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < 1:3719763/91‑1 GCAA‑‑CCTAAAATATAGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < 1:2343050/91‑1 ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/705231‑705329‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgttgatgCAA‑‑CCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < USA300TCH1516_ALE/705368‑705279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |