| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 705329 | 167 (0.820) | 17 (0.090) | 10/142 | NT | 9.5% | intergenic (+1079/+81) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 705368 | 175 (0.970) | intergenic (+1118/+42) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
CGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCATG > USA300TCH1516_ALE/705239‑705419 | aTCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAtgtg < 2:847402/91‑1 (MQ=255) tCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAtgtgt < 1:1996720/91‑1 (MQ=255) gAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGcc > 1:1177067/1‑91 (MQ=255) aaCGGTATATATATTAATAGTAGGGTAAGATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCt < 2:1699526/91‑1 (MQ=255) cGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaa < 2:1118714/91‑1 (MQ=255) cGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaa < 1:181541/91‑1 (MQ=255) atatatatTAATAGGGGGGCAAGATATATTTAACGCACGATATGGGCCTATTATCCTTCTACCTCGTTCTGTTGATGTGCGGCCTaaactg > 2:2501875/1‑88 (MQ=255) atatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAata < 2:1280224/91‑1 (MQ=255) tatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAatat < 1:1353387/91‑1 (MQ=255) tatataaTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAatat < 2:3413749/91‑1 (MQ=255) atatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATAtt > 1:1151276/1‑91 (MQ=255) atatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATAtt > 1:2266386/1‑91 (MQ=255) tatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTg > 2:521716/1‑91 (MQ=255) atatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTgg < 2:634826/91‑1 (MQ=255) ttAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGgaga > 1:3035746/1‑91 (MQ=255) tAATATGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGAt < 2:3636177/91‑1 (MQ=255) tAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGAt > 2:3574039/1‑91 (MQ=255) tAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGAATATTAGCATTCGACATTGTTATGTAGATGTGTGGCCTAAAATATTGCAGAt > 2:1589217/1‑91 (MQ=255) aaTAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctcc < 1:2571356‑M1/91‑24 (MQ=255) aTAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGTCTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAc < 2:3903313/91‑1 (MQ=255) aTAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAc < 1:877286/91‑1 (MQ=255) tAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGAGTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAcc < 2:3115446/91‑1 (MQ=255) tAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAcc < 1:2475532/91‑1 (MQ=255) tAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAcc < 1:751482/91‑1 (MQ=255) aggaggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCa < 1:2058421/91‑1 (MQ=255) aggaggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCa > 2:583384/1‑91 (MQ=255) aggaggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCa < 2:909230/91‑1 (MQ=255) aggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGGTGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAata < 2:2939309/91‑1 (MQ=255) aggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAata > 2:1238272/1‑91 (MQ=255) aggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAata < 2:739157/91‑1 (MQ=255) gggTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAatat > 2:2875425/1‑91 (MQ=255) ggTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGCGATACCAATAtt > 2:3285804/1‑91 (MQ=255) acacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATAtt > 2:1033039‑M1/52‑91 (MQ=255) gTATTATTTATTTAACGCACGTTATTGTACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATGTTGGAGATACCAATAttt < 2:2130722/91‑1 (MQ=255) gTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATAttt < 1:540524/91‑1 (MQ=255) aaTATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTa < 2:1087472/91‑1 (MQ=255) tatatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggcc < 1:2290815‑M1/91‑37 (MQ=255) tatatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggcc < 1:1797874‑M1/91‑37 (MQ=255) atatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGt > 1:2263699/1‑91 (MQ=255) atatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGt < 1:1548025/91‑1 (MQ=255) acatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTg > 2:1764208‑M1/44‑91 (MQ=255) tatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCTATATTTTAGGTTGc < 1:2343050‑M2/91‑2 (MQ=255) catgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGc > 1:1116650‑M1/43‑91 (MQ=255) tttAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGAGTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcat > 1:3243440‑M2/1‑88 (MQ=255) tttAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAAGATTTTAGGTTGcat < 1:1297941‑M2/91‑4 (MQ=255) tttAACGCACGATATGGGACTATTAACCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacacat < 2:3620806‑M1/91‑43 (MQ=255) tAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatca > 1:1193557‑M2/1‑86 (MQ=255) aaCGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaa > 1:2021577‑M2/1‑85 (MQ=255) aaCGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaa > 1:1447059‑M2/1‑85 (MQ=255) cGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaaca > 2:2324543‑M2/1‑83 (MQ=255) gCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacat < 1:3298954‑M2/91‑10 (MQ=255) aacacactgtgttttaatgaagtaagatgaattgATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacat > 2:1877373‑M1/35‑91 (MQ=255) cGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatcaa > 1:219963/1‑91 (MQ=255) cGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatcaa > 2:2998609/1‑91 (MQ=255) 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aTGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacacatcaacataacaaagtcgaaggctaatagtcccatatcgtgcgttaaa < 2:125216‑M1/91‑89 (MQ=255) ATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCa > 2:2234107‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAACGTGTTATTTCa > 1:3032337‑M1/1‑91 (MQ=255) tGcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacacatcaacataacaaagtcgaaggctaatagtcccatatcgtgcgttaaat < 2:2739992‑M1/91‑90 (MQ=255) gtgtgGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacataacaaagtcgaaggctaatagtcccatatcgtgcgttaaata < 1:2848326‑M2/91‑52 (MQ=255) gcaacctaaaatattggtatctccaatattttaggccacacatcaacataacaaagtcgaaggctaatagtcccatatcgtgcgttaaata < 1:3719763‑M1/91‑91 (MQ=255) | CGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCATG > USA300TCH1516_ALE/705239‑705419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |