| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 715316 | 168 (0.820) | 13 (0.080) | 7/132 | NT | 8.2% | intergenic (+74/+43) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 715335 | 151 (0.900) | intergenic (+93/+24) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
CAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/715213‑715316‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacggacaagttGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGTTCTATAT < USA300TCH1516_ALE/715335‑715246 CAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑A > 1:2148888/1‑91 AAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AA < 2:2988527/91‑1 AAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AA < 1:2309187/91‑1 AAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AA < 1:2309649/91‑1 AAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AA > 2:3346264/1‑91 AGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAA > 1:1054606/1‑91 AGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAA > 2:1506364/1‑91 GAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAA > 1:2949488/1‑91 TTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGG < 2:2373592/91‑1 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGA > 2:903767/1‑91 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGA < 2:663131/91‑1 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGA < 1:3828559/91‑1 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGA > 1:2898982/1‑91 TATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGA < 2:3868152/91‑1 ATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGAC < 2:3357641/91‑1 ATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGAC < 2:787548/91‑1 ATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGAC < 2:3846206/91‑1 ATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTAGATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGAC < 2:429964/91‑1 TATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACA < 2:510684/91‑1 TATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACA > 2:19066/1‑91 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TGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAG > 2:558228/1‑91 TGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAG > 2:1742500/1‑91 GGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTATGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAGT < 2:3959977/91‑1 GGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAGT < 2:2950565/91‑1 GGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAGT < 2:2524905/91‑1 GGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTAACGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAGT < 2:312660/91‑1 GTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAGTT < 2:4868/91‑1 GTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAGTT > 2:391505/1‑91 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2:2348798/91‑1 AAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCG < 1:3929322/91‑1 AAACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCG < 2:3869514/91‑1 acCGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGA > 2:334650/3‑91 ACGGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGAT < 1:2594215/91‑1 GGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAG > 2:1792131/1‑91 GGACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAG > 2:3627519/1‑91 GGACAAGTTACACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAG > 1:1981807/1‑91 GACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGT > 2:2540796/1‑91 GACAAGTTGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGT < 2:1689514/91‑1 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CAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAA‑‑‑ATA‑T‑AAAACGGACAAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/715213‑715316‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacggacaagttGCACATTATAAAGCTGCGAAACTTGTCCGTTTTATATTTATTTTATAATAACCTAAGTTAATTTATCGTTTAGTATCGATAGTTCTATAT < USA300TCH1516_ALE/715335‑715246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |