| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 715316 | 168 (0.820) | 13 (0.080) | 7/132 | NT | 8.2% | intergenic (+74/+43) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 715335 | 151 (0.900) | intergenic (+93/+24) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
GTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAA > USA300TCH1516_ALE/715226‑715405 | gccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGtt > 2:779652‑M1/78‑91 (MQ=255)gccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGtt > 1:1328167‑M1/78‑91 (MQ=255)gccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGtt > 2:2743032‑M1/78‑91 (MQ=255)gccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGtt < 1:453243‑M1/14‑1 (MQ=255)gccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGtt < 2:1762641‑M1/14‑1 (MQ=255)gTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTT < 2:4868‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTc > 2:1700479/1‑91 (MQ=255) gATGCTAAATTAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCa < 2:1046989/91‑1 (MQ=255) aTGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg < 2:1888672/91‑1 (MQ=255) tGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGc > 1:1862593/1‑91 (MQ=255) aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtat > 1:98084/1‑91 (MQ=255) aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtat > 2:2196140/1‑91 (MQ=255) ataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata < 2:1003161/91‑1 (MQ=255) taaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATaa > 2:735951/1‑91 (MQ=255) taaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATaa < 1:2503216/91‑1 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt < 1:1899108/91‑1 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt > 2:682464/1‑91 (MQ=255) ttATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATGTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgtg > 1:3232576/1‑91 (MQ=255) ttATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgtg > 2:867383/1‑91 (MQ=255) ttATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTCAGGTTATTATAAACTAAATATAAAACGCACAAGTTTCGCAGCTTTATGAtgtg > 1:3675921/1‑91 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcga < 1:3018659‑M1/91‑20 (MQ=255) acttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc > 1:194243‑M1/59‑91 (MQ=255) atataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaa < 1:3643705‑M1/91‑21 (MQ=255) atataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaa < 2:3248903‑M1/91‑21 (MQ=255) tataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaa < 2:2161020‑M1/91‑22 (MQ=255) tattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAAc > 2:1387763‑M1/56‑91 (MQ=255) ataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACATGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaac < 1:3681417‑M2/91‑4 (MQ=255) ataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaac < 2:2917784‑M2/91‑4 (MQ=255) ataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaac < 1:1115576‑M2/91‑4 (MQ=255) taGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaact > 2:2669679‑M2/1‑87 (MQ=255) aaCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgt > 1:3943390‑M2/1‑84 (MQ=255) aCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtc > 2:2540796‑M2/1‑83 (MQ=255) aTCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgt < 1:2594215‑M2/91‑12 (MQ=255) tCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccggt > 2:334650‑M2/1‑79 (MQ=255) gATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtccgtttt < 1:269284‑M1/91‑34 (MQ=255) gATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtccgtttt < 2:2124034‑M1/91‑34 (MQ=255) gATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtccgtttt < 2:2123672‑M1/91‑34 (MQ=255) gATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgtttt < 2:2348798‑M2/91‑15 (MQ=255) gATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgtttt < 2:811621‑M2/91‑15 (MQ=255) aTACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGttttt > 2:1913024/1‑91 (MQ=255) tACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTa > 1:2372195/1‑91 (MQ=255) tACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTa > 1:3340050/1‑91 (MQ=255) tACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTa > 2:368697/1‑91 (MQ=255) aaCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATg > 1:750664/1‑91 (MQ=255) cGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtt > 2:746183/1‑91 (MQ=255) cGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtt < 1:2762640/91‑1 (MQ=255) cGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtt > 2:3470044/1‑91 (MQ=255) gATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGttt < 1:1803383/91‑1 (MQ=255) gATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGttt < 1:1035018/91‑1 (MQ=255) aaaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAt < 2:3318596/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 1:3133280/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 2:2260330/1‑91 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt < 2:623291/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt < 2:1582760/91‑1 (MQ=255) aaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtt > 2:1237613/1‑91 (MQ=255) aTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttt < 1:1206437/91‑1 (MQ=255) aTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttt < 1:3478184/91‑1 (MQ=255) ttAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtttt > 2:453243/1‑91 (MQ=255) ttAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtttt < 1:815447/91‑1 (MQ=255) aaCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct > 2:3870961/1‑91 (MQ=255) aaCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct > 1:3321729/1‑91 (MQ=255) aGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttttt > 2:2670962/1‑90 (MQ=255) 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ataaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataaa < 2:2043137/91‑1 (MQ=255) aataaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgat > 1:1546971/1‑91 (MQ=255) aataaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgat > 1:1764005/1‑91 (MQ=255) ataaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgatt > 1:3274083/1‑91 (MQ=255) aaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattga < 2:2957810/91‑1 (MQ=255) tataAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTa < 1:3705692/91‑1 (MQ=255) taAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATc > 2:644833/1‑91 (MQ=255) taAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGCGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATc > 1:2118343/1‑91 (MQ=255) 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GGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGa > 2:2875891‑M1/1‑91 (MQ=255) gACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtccgttttatatttattttataataacctaagttaatttatcgtttagtatcgatagt < 2:1689514‑M1/91‑84 (MQ=255) GACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGaa > 1:928018‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAAc > 1:2299376‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAAc > 1:565005‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGGTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAAc > 2:3909065‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACaa < 1:469494‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTTgcacattataaagctgcgaaacttgtccgttttatatttattttataataacctaagttaatttatcgtttagtatcgatagttcta > 2:2221204‑M1/1‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |