| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 769784 | 200 (0.980) | 11 (0.060) | 7/146 | NT | 5.4% | coding (91/465 nt) | USA300HOU_RS03760 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 769799 | 201 (1.080) | coding (106/465 nt) | USA300HOU_RS03760 | hypothetical protein | |||||
GAAATGTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/769689‑769784‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttagcaaGCGCATCTTCATTTGTTGCTAATATTAATAAACCAATTAAACAAACGGTTAATATTACAGCAACAAAGCCTAAAAATAAATTTTTTACTG < USA300TCH1516_ALE/769799‑769710 GAAATGTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATT < 1:2891851/91‑1GAAATGTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATT < 2:2187790/91‑1GAAATGTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATT < 1:2392184/91‑1 AAATGTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTA < 1:651730/91‑1 AAATGTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTA > 2:3307425/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/769689‑769784‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttagcaaGCGCATCTTCATTTGTTGCTAATATTAATAAACCAATTAAACAAACGGTTAATATTACAGCAACAAAGCCTAAAAATAAATTTTTTACTG < USA300TCH1516_ALE/769799‑769710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |