| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 823766 | 154 (0.760) | 21 (0.120) | 13/134 | NT | 13.3% | intergenic (‑141/+55) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 823800 | 144 (0.850) | intergenic (‑175/+21) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CAATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/823664‑823766‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaactgttaatcCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTTCTTATTTAAATTTGAACCATACAAGTTCATCATACTAACAC < USA300TCH1516_ALE/823800‑823712 CAATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAA < 1:2624874/91‑1CAATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAA < 2:349982/91‑1 ATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAA < 2:256732/91‑1 ATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAA > 2:3708568/1‑91 TTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAA > 1:256623/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |