| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 823766 | 154 (0.760) | 21 (0.120) | 13/134 | NT | 13.3% | intergenic (‑141/+55) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 823800 | 144 (0.850) | intergenic (‑175/+21) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC | |||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
ACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGT > USA300TCH1516_ALE/823676‑823855 | taaactTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC > 1:3110998‑M1/3‑91 (MQ=255) cAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑t > 2:3705119/1‑91 (MQ=255) aCTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAATAACTGTTGATC‑ttt < 2:2885403/91‑1 (MQ=255) aCTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑ttt > 1:739194/1‑91 (MQ=255) ttgttgTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGc < 1:1264909/91‑1 (MQ=255) tgttgtTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCt < 2:2625563/91‑1 (MQ=255) tgttgtTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCt > 1:3614013/1‑91 (MQ=255) tgttATAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCtatt > 2:2133354/1‑91 (MQ=255) tgttATAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCtatt > 2:2168277/1‑91 (MQ=255) ttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCtattat > 1:1733869/1‑91 (MQ=255) ttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCtattat > 1:1895747/1‑91 (MQ=255) ttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCtattat < 1:2018357/91‑1 (MQ=255) tACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATtata > 2:1623018/1‑91 (MQ=255) aCAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATAc > 1:1589039/1‑91 (MQ=255) aaCTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTa < 2:2433400/91‑1 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGAtt > 1:2561600/1‑91 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGAtt > 1:1276743/1‑91 (MQ=255) cAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGAttt < 2:88560/91‑1 (MQ=255) aaTAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTta > 2:2258587/1‑91 (MQ=255) aGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTtaata > 2:2866618/1‑91 (MQ=255) gTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTtaataa > 1:268486/1‑91 (MQ=255) caagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATACTATGATTtaata > 1:537268‑M1/53‑91 (MQ=255) tGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTcataat > 2:1004373/1‑91 (MQ=255) tGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTaataat < 1:2830904/91‑1 (MQ=255) tGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTaataat > 1:334843/1‑91 (MQ=255) gagaCGTTGTGTGAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAataata < 2:3643577/91‑1 (MQ=255) agaCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAg < 1:430905/91‑1 (MQ=255) agaCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAg > 2:3018016/1‑91 (MQ=255) aCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCa < 1:2323326/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCa < 1:585555/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCa < 1:3305640/91‑1 (MQ=255) cTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagca < 2:142305‑M1/91‑33 (MQ=255) tttGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACGGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaa < 2:3255424‑M1/91‑34 (MQ=255) tttGTGTTAGAATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaa < 2:2785681‑M1/91‑34 (MQ=255) ttGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaaa < 1:2198610‑M1/91‑35 (MQ=255) aaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCaaa > 1:3470722‑M1/45‑91 (MQ=255) aaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAg > 2:2196525‑M1/45‑91 (MQ=255) tgtgTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaaag < 1:2207431‑M1/91‑36 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga < 1:2124892‑M2/91‑3 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga > 1:1983532‑M2/1‑89 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga < 1:2707170‑M2/91‑3 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga < 1:67623‑M2/91‑3 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TGTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga > 2:1380803‑M2/1‑89 (MQ=255) gtgtTAGTATGAGGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga > 2:265258‑M2/1‑89 (MQ=255) tgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgat < 1:3079267‑M2/91‑4 (MQ=255) gtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgatt > 2:2415164‑M2/1‑87 (MQ=255) aGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgattaac > 1:1108000‑M2/1‑84 (MQ=255) tATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgattaacag > 2:2951016‑M2/1‑82 (MQ=255) tATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgattaacag > 1:2829325‑M2/1‑82 (MQ=255) atgatgAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgattaacagt > 1:3322634‑M2/1‑81 (MQ=255) tgatgaACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgattaacagtt > 1:1278408‑M2/1‑80 (MQ=255) atgaACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgattaacagtttt < 2:2744727‑M2/91‑14 (MQ=255) atgaACTCGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑CTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgattcacagtctt < 2:1059104‑M2/91‑14 (MQ=255) tgaACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTg > 1:1015244/1‑91 (MQ=255) 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AATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACttt > 2:1137533‑M1/1‑91 (MQ=255) ATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTg < 2:1903341‑M1/91‑1 (MQ=255) ATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTg < 1:358724‑M1/91‑1 (MQ=255) tCctttgctattattcaagcatagtataatagcaaagattaacaggttttcttatttaaatttgaaccatacaagttcatcatactaacac < 2:394119‑M1/91‑90 (MQ=255) tCctttgctattattaaatcatagtataatagcaaagattaacagtttttcttatttaaatttgaaccatacaagttcatcatactaacac > 2:597810‑M1/1‑2 (MQ=255) TC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGt > 1:928844‑M1/1‑91 (MQ=255) | ACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGT > USA300TCH1516_ALE/823676‑823855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |