| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 885377 = | 157 (0.770) | 15 (0.090) | 12/134 | NT | 10.1% | intergenic (+6/+67) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 885422 = | 137 (0.800) | intergenic (+51/+22) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
ATGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/885479‑885377‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtataacgctttTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATTATTATGCTTGAT > USA300TCH1516_ALE/885422‑885510 ATGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTAT > 2:459154/1‑91 TGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG > 2:428861/1‑91 TGATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 2:1949754/91‑1 GATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGT < 1:426400/91‑1 GATATTACAAAAACTTATTCAATTATTATTCTAAAGCGTTATGTAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGT < 1:1874146/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |