New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 885377 = | 157 (0.770) | 15 (0.090) | 12/134 | NT | 10.1% | intergenic (+6/+67) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
? | USA300TCH1516_ALE | 885422 = | 137 (0.800) | intergenic (+51/+22) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTT > USA300TCH1516_ALE/885287‑885466 | aataTCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA < 1:1185204‑M1/91‑1 (MQ=255) aataTCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA < 2:2447013‑M1/91‑1 (MQ=255) aataTCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA > 1:3448742‑M1/1‑91 (MQ=255) atatCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA < 1:1927342‑M1/91‑1 (MQ=255) atatCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA < 1:3392105‑M1/91‑1 (MQ=255) tCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG < 1:784701‑M1/91‑1 (MQ=255) tCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG < 1:2185051‑M1/91‑1 (MQ=255) agcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCg > 2:1467974‑M1/86‑91 (MQ=255) agcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCg > 1:3695065‑M1/86‑91 (MQ=255) gcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGt > 2:708826‑M1/85‑91 (MQ=255) gcataataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGt > 1:364754‑M1/85‑91 (MQ=255) cGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT > 1:550826‑M1/1‑91 (MQ=255) ggTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT < 2:1275858‑M1/91‑1 (MQ=255) ggTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT > 1:2577797‑M1/1‑91 (MQ=255) ggTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT < 1:1866325‑M1/91‑1 (MQ=255) ataataattattattgttgctctgatgatattataaagacttattcgattattattctagagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTta < 1:3161320‑M1/9‑1 (MQ=255) tAAGTGTAAAATCCTCAAATTTGAATTTGACAATGGAACATTTAAAAATGTTAAGAGAATTGATCCAAGGTTATAATAAAGAAAGCGTtat < 2:397755/91‑1 (MQ=255) aaTTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATA < 2:2036082‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATA > 1:3769067‑M1/1‑91 (MQ=255) ataattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATAc > 1:3045383‑M1/80‑91 (MQ=255) aTTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATAC > 2:1938491‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA > 1:277116‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:2521675‑M1/91‑1 (MQ=255) taattattattgttgctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACa > 2:2155703‑M1/79‑91 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATa < 1:2633855/91‑1 (MQ=255) atatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGac > 1:433203/1‑91 (MQ=255) atatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGATGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGac > 2:3617008/1‑91 (MQ=255) atCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGacac > 1:135295/1‑91 (MQ=255) atCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGacac < 2:2086681/91‑1 (MQ=255) tCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGAcaca > 2:2109829/1‑91 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatact < 1:2466515‑M1/91‑12 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 2:2220672/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 2:3048753/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt > 2:1080535/1‑91 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 2:1785987/91‑1 (MQ=255) gAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTa < 1:1459337/91‑1 (MQ=255) gAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTa > 1:2135574/1‑91 (MQ=255) gAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTa > 2:7297/1‑91 (MQ=255) tgctctgaggatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtatgttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt > 2:3437607‑M1/66‑91 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt < 1:2020610/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt < 2:1441629/91‑1 (MQ=255) gctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATg > 2:1285005‑M1/65‑91 (MQ=255) aaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATg < 2:1991646/91‑1 (MQ=255) tttGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATgcc > 2:3174645/1‑89 (MQ=255) ttGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCt > 1:1297234/1‑91 (MQ=255) tGAATATGCCAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCACATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATTGACACAAGTATGTCtt < 2:2401401/91‑1 (MQ=255) tGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtt > 1:1938576/1‑91 (MQ=255) gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCttt > 1:1597337/1‑91 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctat < 2:1895789‑M1/91‑21 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 1:1646001‑M2/91‑2 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatg < 2:458391‑M1/91‑22 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtg > 2:955833‑M2/1‑89 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTAAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtg < 2:3892491‑M2/91‑3 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgt < 1:1813496‑M1/91‑23 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgt < 2:3841458‑M2/91‑4 (MQ=255) atGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgta < 2:1375406‑M2/91‑5 (MQ=255) aCAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataa > 1:3904819‑M2/1‑84 (MQ=255) tacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAAc > 2:2859861‑M1/52‑91 (MQ=255) tacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAAc > 2:132084‑M1/52‑91 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacg < 2:2984245‑M1/91‑29 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacg < 1:2348750‑M2/91‑10 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct > 1:3827712‑M2/1‑80 (MQ=255) ggAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctt > 2:1195601‑M2/1‑79 (MQ=255) taacATTTAAATTTGTTGAGTTAATCGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacctacttctgcctatgtataacgcttt < 1:603133‑M1/90‑33 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 2:3082755/91‑1 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt > 1:2734160/1‑91 (MQ=255) aCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGAATGTCTTTTGTATAACGCTTTTa > 1:298918/1‑91 (MQ=255) aTTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaa < 1:2950608/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa > 2:440184/1‑91 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAATAGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAACTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACaa > 1:3362915/1‑91 (MQ=255) tttGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAAc < 2:3313774/91‑1 (MQ=255) tgttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTa > 2:1681341/1‑91 (MQ=255) gttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTAc < 2:2572501/91‑1 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa < 2:2375573/91‑1 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 1:663786/1‑91 (MQ=255) gAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATa > 2:368566/1‑91 (MQ=255) aGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATaa > 2:3500871/1‑91 (MQ=255) tAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAGATACAACTACATAACGc < 2:2339991/91‑1 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt > 2:3648499/1‑91 (MQ=255) ttGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCttt > 1:913826/1‑91 (MQ=255) ttGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCttt < 1:925719/91‑1 (MQ=255) gATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAg > 2:797776/1‑91 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:3211563/91‑1 (MQ=255) ccAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaat > 2:106300/1‑91 (MQ=255) ccAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaat > 2:933486/1‑91 (MQ=255) ccAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaat > 2:1734352/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataa > 1:3568550/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataa > 2:638027/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataa > 1:1486522/1‑91 (MQ=255) aaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAACACAACTAAATAACGCTTTAGaataat > 2:506246/1‑91 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat > 2:1801397/1‑91 (MQ=255) tataATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAAtt > 2:2726163/1‑91 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg > 1:834582/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 1:2097835/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 1:1078486/1‑91 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa > 1:331174/1‑91 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa < 2:3740146/91‑1 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa > 2:1223911/1‑91 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa < 1:2046933/91‑1 (MQ=255) aataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAg > 2:2615821/1‑91 (MQ=255) | TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTT > USA300TCH1516_ALE/885287‑885466 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |