New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 885389 | 157 (0.770) | 20 (0.120) | 10/134 | NT | 13.0% | intergenic (+18/+55) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
? | USA300TCH1516_ALE | = 885408 | 137 (0.800) | intergenic (+37/+36) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/885287‑885389 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcgttatacaAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < USA300TCH1516_ALE/885408‑885319 TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATA < 2:2377293/91‑1 TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATA < 2:728592/91‑1 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA < 1:1185204/91‑1 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA > 2:2105189/1‑91 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA < 2:2447013/91‑1 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA > 1:3448595/1‑91 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA > 1:3448634/1‑91 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA > 1:3448742/1‑91 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA > 1:3449642/1‑91 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA < 2:809077/91‑1 ATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA < 1:1927342/91‑1 ATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA < 1:3392105/91‑1 ATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA < 2:1408775/91‑1 ATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA > 2:2367213/1‑91 ATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC > 1:3129339/1‑91 TCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG > 2:2696065/1‑91 TCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG < 1:2071611/91‑1 TCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG < 1:2185051/91‑1 TCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG < 1:784718/91‑1 TCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG < 1:784701/91‑1 TCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG < 1:2978142/91‑1 CGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT > 1:2926498/1‑91 CGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT > 1:550826/1‑91 CGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT > 2:941340/1‑91 CGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT < 1:2051628/91‑1 CGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT > 2:434605/1‑91 CGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT < 1:1351930/91‑1 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT > 1:2578320/1‑91 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT > 1:2577797/1‑91 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT > 2:2643745/1‑91 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT < 2:1275858/91‑1 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT > 1:1089857/1‑91 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT < 1:1996266/91‑1 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT < 1:1866325/91‑1 GTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTA < 2:3832894/91‑1 TAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTAT < 2:2349963/91‑1 TAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTAT > 2:617356/1‑91 AATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATA < 2:2036082/91‑1 AATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATA > 1:3769067/1‑91 AATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATA > 1:3768393/1‑91 ATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATAC > 2:1938131/1‑91 ATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATAC < 1:922427/91‑1 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:2521675/91‑1 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:2727265/91‑1 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA > 1:277116/1‑91 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 1:966119/91‑1 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:445499/91‑1 TTGTAATATCCTGAAATATGAATATGACAATGGAACATTGAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:3350055/91‑1 TGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACT < 1:2466515/91‑1 AATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTAT < 2:1895789/91‑1 AATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTAT < 2:1656889/91‑1 agATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 2:1335681/89‑1 ATATTACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 2:3949999/91‑1 ATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 2:458391/91‑1 ATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 1:3791860/91‑1 ATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 2:880218/91‑1 TATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGT < 1:1813496/91‑1 TATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGT < 2:3443875/91‑1 TATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGT < 2:1981035/91‑1 TGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTAT < 1:1706501/91‑1 TGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTAT < 1:1706369/91‑1 ACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAA < 1:2651153/91‑1 AATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACG < 2:2984245/91‑1 GGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTT < 2:1483312/91‑1 tAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATCGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACCTACTTCTGCCTATGTATAACGCTTT < 1:603133/90‑1 acgcGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTT > 2:46439/5‑91 AAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTC < 1:1209262/91‑1 AAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCC > 2:1195282/1‑91 AAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCC > 2:1195601/1‑91 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA > 1:222436/1‑91 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA > 2:949466/1‑91 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA < 2:2572419/91‑1 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA > 1:3827712/1‑91 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA > 1:3827621/1‑91 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA < 1:3578580/91‑1 CGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATT < 1:2348750/91‑1 CGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATT > 2:2080749/1‑91 CGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATT < 1:202698/91‑1 CGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATT > 1:3388334/1‑91 CGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATT > 2:3106245/1‑91 GTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTG > 2:716655/1‑91 TTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGT > 1:3904819/1‑91 TTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGT > 2:1304119/1‑91 TATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTC > 1:2503341/1‑91 TATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTC > 2:3066174/1‑91 ATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCA < 2:2021470/91‑1 ATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCA < 1:2335145/91‑1 ATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCA < 2:2021189/91‑1 TACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCAT < 2:1375406/91‑1 ACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATA < 2:3841458/91‑1 ACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATA < 1:2760595/91‑1 ACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATA < 2:2593648/91‑1 ACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATA < 2:182720/91‑1 CAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTTACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATAT < 2:3892491/91‑1 CAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATAT < 1:89704/91‑1 CAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATAT < 1:394182/91‑1 AAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < 1:3269954/91‑1 AAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < 1:1646001/91‑1 AAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < 1:1371491/91‑1 AAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < 1:3177862/91‑1 TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/885287‑885389 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcgttatacaAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < USA300TCH1516_ALE/885408‑885319 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |