| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 885389 | 157 (0.770) | 20 (0.120) | 10/134 | NT | 13.0% | intergenic (+18/+55) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 885408 | 137 (0.800) | intergenic (+37/+36) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCAT > USA300TCH1516_ALE/885299‑885479 | ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:2727265‑M1/91‑1 (MQ=255)ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:2521675‑M1/91‑1 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATa < 2:3568674/91‑1 (MQ=255) atatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGac > 1:433203/1‑91 (MQ=255) atCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGacac < 2:2086681/91‑1 (MQ=255) atCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGacac > 2:3707959/1‑91 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatact < 1:2466515‑M1/91‑12 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 2:3048698/91‑1 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt > 2:1080535/1‑91 (MQ=255) gAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTa > 1:2135574/1‑91 (MQ=255) gAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTa > 2:3491002/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt < 1:2020221/91‑1 (MQ=255) gctctgatgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATg > 2:1284858‑M1/65‑91 (MQ=255) tttGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATgcc > 2:3174645/1‑89 (MQ=255) tttGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTc > 2:2271396/1‑91 (MQ=255) ttGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCt > 1:1297234/1‑91 (MQ=255) tGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtt > 1:1938576/1‑91 (MQ=255) gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCttt > 1:1597557/1‑91 (MQ=255) gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCttt > 2:79446/1‑91 (MQ=255) atgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtttt > 2:3396763‑M1/59‑91 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 1:1646001‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 1:3269954‑M2/91‑2 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatg < 2:880218‑M1/91‑22 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtg < 1:89704‑M2/91‑3 (MQ=255) agatgaCAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatg < 2:1335681‑M1/89‑22 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgt < 2:182720‑M2/91‑4 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgt < 1:2760595‑M2/91‑4 (MQ=255) atattacaaaaacttattcaattattattctaaagagttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGta > 2:2138527‑M1/56‑91 (MQ=255) atGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgta < 2:1375406‑M2/91‑5 (MQ=255) tGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtat < 1:2335145‑M2/91‑6 (MQ=255) tGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtat < 2:2021189‑M2/91‑6 (MQ=255) gACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtata > 1:2503341‑M2/1‑85 (MQ=255) aCAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataa < 1:2651153‑M1/91‑27 (MQ=255) aCAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataa > 1:3904819‑M2/1‑84 (MQ=255) tacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAAc > 2:2859861‑M1/52‑91 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct < 2:2572419‑M2/91‑12 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct < 1:3578580‑M2/91‑12 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct > 2:949466‑M2/1‑80 (MQ=255) taacATTTAAATTTGTTGAGTTAATCGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacctacttctgcctatgtataacgcttt < 1:603133‑M1/90‑33 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgcgcgt > 2:46439‑M2/1‑77 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt > 1:2734160/1‑91 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 1:3666503/91‑1 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 2:1705704/91‑1 (MQ=255) aCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTa > 1:3796142/1‑91 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 2:3836474/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 1:3094302/91‑1 (MQ=255) ttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAAt > 1:299567/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 2:1744907/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 1:663786/1‑91 (MQ=255) gTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAAc > 2:3911342/1‑91 (MQ=255) aaTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCt < 2:3889285/91‑1 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt > 2:3648499/1‑91 (MQ=255) ttGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCttt > 1:913826/1‑91 (MQ=255) tGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTa < 2:2195652/91‑1 (MQ=255) tGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTa > 1:785376/1‑91 (MQ=255) gATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAg < 2:1448293/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:3211563/91‑1 (MQ=255) tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa > 2:1036415/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataa > 1:1486522/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataa > 2:638027/1‑91 (MQ=255) aTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataata > 1:2981380/1‑91 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat > 2:1801397/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 1:2097835/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 2:2432078/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa > 1:1417626/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGCGTTCTACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattctatctttggatcaattaactcaaccaatttaa < 2:1288240‑M2/91‑54 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 2:957853/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 1:1078486/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt < 1:20428/91‑1 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa > 2:1223911/1‑91 (MQ=255) ataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGt < 2:1181361/91‑1 (MQ=255) taaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtt < 1:3358984/91‑1 (MQ=255) aaGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcc > 2:1195601‑M1/1‑12 (MQ=255) aGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcca > 1:222436‑M1/1‑11 (MQ=255) aGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcca > 1:3827712‑M1/1‑11 (MQ=255) cGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccatt > 2:2080749‑M1/1‑9 (MQ=255) cGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccatt > 1:3388334‑M1/1‑9 (MQ=255) cGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccatt < 2:2984245‑M2/91‑64 (MQ=255) gTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattg > 2:716655‑M1/1‑8 (MQ=255) tataCAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtc > 2:3066174‑M1/1‑6 (MQ=255) TATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAat < 1:1122846‑M1/91‑1 (MQ=255) ataCATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtca < 1:1706501‑M2/91‑68 (MQ=255) ATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAata > 2:1953889‑M1/1‑91 (MQ=255) TACATAGACACATGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATGCATCTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAatat > 2:2380418‑M1/1‑91 (MQ=255) TACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAatat > 2:1495178‑M1/1‑91 (MQ=255) aCAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcata < 2:2593648‑M1/91‑89 (MQ=255) aCAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcaattgtcata > 2:456905‑M1/1‑3 (MQ=255) aCATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcata < 2:1981035‑M2/91‑70 (MQ=255) aCATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcata < 1:1813496‑M2/91‑70 (MQ=255) ACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatc > 2:106619‑M1/1‑91 (MQ=255) ACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatc < 1:1874146‑M1/91‑1 (MQ=255) cAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatat > 1:2404486‑M1/1‑2 (MQ=255) cAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatat < 1:394182‑M1/91‑90 (MQ=255) cATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatat < 2:458391‑M2/91‑71 (MQ=255) cATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatat < 1:3473130‑M2/91‑71 (MQ=255) cATAGACACAAGTAAGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatat < 2:310283‑M2/91‑71 (MQ=255) CATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatca > 2:428861‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatatt < 1:1371491‑M1/91‑91 (MQ=255) aTAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatatt < 2:1895789‑M2/91‑72 (MQ=255) aTAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatatt < 2:1656889‑M2/91‑72 (MQ=255) | TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCAT > USA300TCH1516_ALE/885299‑885479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |