| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 940821 | 193 (0.950) | 13 (0.070) | 6/148 | NT | 7.2% | intergenic (+2/+54) | USA300HOU_RS04680/ptlE | Putative esterase/Neopentalenolactone D synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 940872 | 156 (0.830) | intergenic (+53/+3) | USA300HOU_RS04680/ptlE | Putative esterase/Neopentalenolactone D synthase | |||||
GTCGACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/940726‑940821‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaaaAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCATA < USA300TCH1516_ALE/940872‑940783 GTCGACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAA > 2:441514/1‑91GTCGACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAA < 2:2086926/91‑1 TCGACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAAT > 1:1641520/1‑91 CGACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTCTAAAATA > 2:3053598/1‑91 GACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAA < 1:2255877/91‑1 GACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAA > 2:323650/1‑91 GACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAA > 1:521261/1‑91 GACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAA < 1:2716473/91‑1 GACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAA < 2:1472705/91‑1 GACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAA < 1:1902446/91‑1 GACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAA < 1:1902357/91‑1 GACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAA < 1:1544618/91‑1 ACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAA < 2:3917073/91‑1 ACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAA < 1:2585849/91‑1 ACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAA < 1:2585910/91‑1 ACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAA < 1:1236176/91‑1 ACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAA < 1:3357608/91‑1 CACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAA > 2:1527709/1‑91 AACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAAGCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACAT < 2:3466881/91‑1 ACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTAGTAAACCTTTAAAATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATT < 2:2464627/91‑1 CAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTT < 1:3602646/91‑1 CAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTT < 1:3338405/91‑1 TTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAG < 1:1511764/91‑1 AATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCT < 1:3344070/91‑1 TTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAG < 1:886685/91‑1 CAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAG < 1:1324667/91‑1 GTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTT < 1:3767018/91‑1 ATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTT < 2:3627934/91‑1 TGCGTGGTACGGTTGCTATTAGACCTTTAAAGGAAAAAAACTGCTAGCCGTGGGTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTT < 2:1375074/91‑1 TGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACGTTTCAGCTAGCAGTTCTTT < 2:3449293/91‑1 TGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATT < 1:3715755/91‑1 ATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCAC < 2:783138/91‑1 ATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCAC > 1:2565808/1‑91 ATAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCAC < 1:224587/91‑1 TAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACG > 1:2729337/1‑91 TAAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATCAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACG < 1:3680127/91‑1 AAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGGAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGC < 2:2401499/91‑1 AAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGC < 2:3723924/91‑1 AAAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGC < 2:574618/91‑1 AAAAAACTGCTCGCCGTAGCTATGCACATCGCATAACAATTCAGCTAGCAGTTCTTTTAGCTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCA > 2:867219/1‑91 AAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCA > 1:712085/1‑91 AAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCA > 1:300552/1‑91 AAAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCA > 2:867171/1‑91 AAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCAT > 1:1083119/1‑91 AAAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCAT > 1:1082623/1‑91 AAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCATA < 2:351951/91‑1 AAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCATA > 2:86869/1‑91 GTCGACACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/940726‑940821‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaaaAAACTGCTAGCCGTAGTTATGAATATCTCATAACATTTCAGCTAGCAGTTCTTTTATTTTAAAGGTTTAATAGCAACTGTACCACGCATA < USA300TCH1516_ALE/940872‑940783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |