| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1117293 = | 242 (1.190) | 14 (0.080) | 7/130 | NT | 7.3% | intergenic (+6/+148) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1117341 = | 159 (0.960) | intergenic (+54/+100) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein | |||||
TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1117397‑1117293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acatattacgcttttATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATTG > USA300TCH1516_ALE/1117341‑1117430 TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTCTTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 1:3139977/1‑91TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 1:1390003/1‑91TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 1:1104558/1‑91TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 2:2870592/1‑91TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 2:2870995/1‑91TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 2:2871059/1‑91TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTCTTTTTATTCTTTAAGGTATAAGAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 1:3159054/1‑91 catcATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTAC > 2:794580/5‑91 catcATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTAC > 2:436341/5‑91 CATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTAC > 1:3650623/1‑91 CATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTAC > 1:557021/1‑91 ATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTACGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACA < 1:3422008/91‑1 tcATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACAT > 1:656021/3‑91 TGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACAT > 1:2242734/1‑91 TGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACAT > 2:1882308/1‑91 GATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATA < 2:84908/91‑1 GATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATA < 2:1730146/91‑1 ATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATAT < 2:366416/91‑1 ATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATAT < 2:3438472/91‑1 ATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATAT < 1:2803619/91‑1 TGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATT < 1:3714553/91‑1 TGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATT > 2:1185112/1‑91 GAACATTTAACTGGTTTTTTTTTTTCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTA > 2:3640136/1‑91 GAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTA > 1:2083799/1‑91 GAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTA > 2:850379/1‑91 AACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTAC > 1:1065177/1‑91 AACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTAC > 2:651202/1‑91 ATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGCTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCT > 2:2374849/1‑91 TTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTT > 1:659591/1‑91 TAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGCCTACATATTACGCTTTT > 2:3076087/1‑91 AAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAA > 2:185233/1‑91 CGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGT > 1:3277930/1‑91 CGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGT > 2:2568048/1‑91 GTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTT > 1:2718812/1‑91 GTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTT > 2:5504/1‑91 GTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTT > 2:15449/1‑91 ATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCA > 1:22300/1‑91 ATGTTACCAAATCGCTAGGCCTACAGGTTACGCTTTTATACCTTCAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACGAGTTAAATGTTCATCA > 2:598239/1‑91 TGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCAT > 2:2338385/1‑91 GTTACCTAATTGTTAGGACTACATCTTACGCTTTTATACCTTCAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATG > 2:2786828/1‑91 GTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATG > 2:952950/1‑91 GTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTGAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATG > 1:3418458/1‑91 CCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACA > 2:2282790/1‑91 CCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACA > 2:2282822/1‑91 ACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATC > 2:2125414/1‑91 ACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATC > 1:2095763/1‑91 ATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAA < 1:2865011/91‑1 ATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAA < 2:2621471/91‑1 TATTACGCTTTTGTACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAAC < 2:3295514/91‑1 ATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACG > 2:3151396/1‑91 ATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACG > 1:300924/1‑91 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 2:3835226/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:1460436/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAACCAACGCG > 2:949578/1‑91 ACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGT > 1:1377927/1‑91 ACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGT > 1:1377858/1‑91 ACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGT < 2:3236100/91‑1 ACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGT > 2:3196025/1‑91 CGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTG > 2:2873201/1‑91 CGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTG > 2:543561/1‑91 CGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTG > 1:1140047/1‑91 GCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGT < 1:259429/91‑1 CTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTT > 1:3753668/1‑91 TTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTA > 1:2808583/1‑91 TTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTA > 2:1622642/1‑91 TTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTA > 2:2276923/1‑91 TTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTA > 2:2277075/1‑91 TTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATT > 2:862603/1‑91 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TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1117397‑1117293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acatattacgcttttATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATTG > USA300TCH1516_ALE/1117341‑1117430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |