| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1117293 = | 242 (1.190) | 14 (0.080) | 7/130 | NT | 7.3% | intergenic (+6/+148) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1117341 = | 159 (0.960) | intergenic (+54/+100) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
AGAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1117203‑1117383 | caataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtata > 1:1016909‑M1/91‑91 (MQ=255)caataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtata > 1:1139171‑M1/91‑91 (MQ=255)caataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtata < 1:433911‑M1/1‑1 (MQ=255)caataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtata > 1:2822209‑M1/91‑91 (MQ=255)caataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtata < 1:2599811‑M1/1‑1 (MQ=255)caataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattacttaaggtata < 2:1253139‑M1/1‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |