| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1183556 | 208 (1.020) | 18 (0.100) | 11/140 | NT | 9.0% | intergenic (+67/+42) | yfnB/USA300HOU_RS05910 | Putative HAD‑hydrolase YfnB/putative N‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1183574 | 181 (1.020) | intergenic (+85/+24) | yfnB/USA300HOU_RS05910 | Putative HAD‑hydrolase YfnB/putative N‑acetyltransferase | |||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
AACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTTTTAGCTTCC > USA300TCH1516_ALE/1183467‑1183646 | aacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaa > 1:1037179/1‑91 (MQ=255) cTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaaaa > 2:3320994/1‑91 (MQ=255) aaaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGa < 1:2917420/91‑1 (MQ=255) aaaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGa < 1:663591/91‑1 (MQ=255) aaaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGa > 1:3181493/1‑91 (MQ=255) aaaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAAAAAGTAATTGTAAAAAAGAGACTACGAAAAGa < 1:3054858/91‑1 (MQ=255) aaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGAt > 1:1258041/1‑91 (MQ=255) aTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATg < 2:1599792/91‑1 (MQ=255) tGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGc < 1:985638/91‑1 (MQ=255) gATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAGAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCa < 2:1303710/91‑1 (MQ=255) atTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAttt < 1:1765519/91‑1 (MQ=255) ttGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAACAGATGCAtttt > 2:817196/1‑91 (MQ=255) ttGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtttt < 1:402566/91‑1 (MQ=255) ttGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtttt > 2:2669239/1‑91 (MQ=255) 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ggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCt > 2:1673802‑M1/63‑91 (MQ=255) ggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCt > 2:1531003‑M1/63‑91 (MQ=255) gTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatctttt < 1:426705‑M1/91‑20 (MQ=255) gTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatctttt < 2:1379898‑M1/91‑20 (MQ=255) gTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCt > 1:58570‑M2/1‑90 (MQ=255) gTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCt > 2:2327610‑M2/1‑90 (MQ=255) aaGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgt > 2:2695084‑M2/1‑87 (MQ=255) aaGACAAATAAATTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgt < 2:1749920‑M1/91‑23 (MQ=255) aCAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagt > 2:185189‑M2/1‑84 (MQ=255) aCAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagt < 1:1284244‑M2/91‑8 (MQ=255) aataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgtc < 2:2985188‑M2/91‑11 (MQ=255) aataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgtc < 2:721865‑M2/91‑11 (MQ=255) aataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgtc < 2:1164211‑M2/91‑11 (MQ=255) tttGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTATAAAAAAGACACAACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAATGTCAAata > 2:3958383/1‑91 (MQ=255) gAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtatta > 2:3561626/1‑91 (MQ=255) gAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtatta > 2:628288/1‑91 (MQ=255) aaaTGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAAtattatt > 1:2101626/1‑91 (MQ=255) tGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATc < 1:3204559/91‑1 (MQ=255) gATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCt > 1:1403313/1‑91 (MQ=255) gATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCt > 1:372096/1‑91 (MQ=255) gATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCt < 2:3101567/91‑1 (MQ=255) aTTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACATTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCtt < 2:1013270/91‑1 (MQ=255) aTTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCtt < 1:2669411/91‑1 (MQ=255) aTTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCtt > 1:101565/1‑91 (MQ=255) tttACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTa > 1:1656581/1‑91 (MQ=255) tttACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTa < 2:3764300/91‑1 (MQ=255) ttACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTAt > 1:316560/1‑91 (MQ=255) ttACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTGTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTAt > 1:3241647/1‑91 (MQ=255) aCTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATgg > 2:545651/1‑91 (MQ=255) cTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGt > 1:2359199/1‑91 (MQ=255) cTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGAATATTAATGCTCGTAGTGTCGACTCTTCATATCTCATGGt > 2:2580376/1‑91 (MQ=255) tataTTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGttt > 2:222299/1‑91 (MQ=255) tataTTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGttt < 1:2880039/91‑1 (MQ=255) tatTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTcc < 2:2006134/91‑1 (MQ=255) ttAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCcac < 1:713132/91‑1 (MQ=255) ttAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCcac < 1:561193/91‑1 (MQ=255) ttAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCcac > 1:2192495/1‑91 (MQ=255) aGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACaa > 2:3586122/1‑91 (MQ=255) aGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACaa < 2:1833189/91‑1 (MQ=255) gcgtAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAAt < 2:2372629/88‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |