| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1255979 | 165 (0.810) | 27 (0.160) | 12/134 | NT | 15.5% | intergenic (+195/+49) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1255992 | 157 (0.920) | intergenic (+208/+36) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAACATTATTTTTGTCTTGCCCATCTCGTGAAAATAATACTACATAT > USA300TCH1516_ALE/1255889‑1256069 | tAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTg > 2:75213/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGc < 1:1194347/91‑1 (MQ=255) aaTGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGc < 2:3065913/91‑1 (MQ=255) aaTGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGc < 1:1456089/91‑1 (MQ=255) tGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCa > 2:2616363/1‑91 (MQ=255) gTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCAt < 1:2931705/91‑1 (MQ=255) 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aaTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGact > 1:1018595‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGact < 1:1146741‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTGTAAGTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGact > 2:3634459‑M2/1‑88 (MQ=255) aTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTccttttcaatggcactt < 2:1276054‑M1/91‑18 (MQ=255) aTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTccttttcaatggcactt < 1:2112687‑M1/91‑18 (MQ=255) aTGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGcctt < 2:373429‑M2/91‑5 (MQ=255) tGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTccttttcaatggcactta < 1:2827370‑M1/91‑19 (MQ=255) tGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGactta < 1:1720699‑M2/91‑6 (MQ=255) gTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGacttag < 1:1277158‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGacttag > 2:1557245‑M2/1‑85 (MQ=255) tAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTctttttcaatggcacttagt < 1:1750863‑M1/91‑21 (MQ=255) tAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGacttagt > 2:1627219‑M2/1‑84 (MQ=255) aaTTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTccttttcaatggcacttagta < 1:1268014‑M1/91‑22 (MQ=255) aTTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGacttagtag > 2:205386‑M2/1‑82 (MQ=255) ttGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGacttagtaga > 2:1314744‑M2/1‑81 (MQ=255) tGTTTATTCCTTCGCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTGATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGacttagtagat > 1:3956251‑M2/1‑80 (MQ=255) tATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATttat < 1:89720/91‑1 (MQ=255) ccTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTaaa < 1:33621/91‑1 (MQ=255) cTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAat < 2:1145434/91‑1 (MQ=255) tctATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAatatat < 2:3344262/91‑1 (MQ=255) tCATAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTa > 1:50781/1‑91 (MQ=255) aTAACGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGc > 1:574043/1‑91 (MQ=255) aaCGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCaa < 2:1991784/91‑1 (MQ=255) aCGTGTTTGCTCAAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAAc < 2:573098/91‑1 (MQ=255) 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actaAGTGCCATTGAAAAGGtcttagtagatttttgtttatataaccattttgagcaaacacgttatgaatagagaaggaataaacaatta < 2:2981221‑M2/91‑72 (MQ=255) actaAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAACATTATTTTTGTCTTGCCCATCTCGTGAAAATAAtact > 1:913776/1‑91 (MQ=255) actaAGTGCCATTGAAAAAGacttagtagatttttgtttatataaccattttgagcaaacacgttatgaatagagaaggaataaacaatta < 1:1750889‑M2/91‑72 (MQ=255) ctaAGTccttttcaatggcacttagtagatttttgtttatataaccattttgagcaaacacgttatgaatagagaaggaataaacaattac < 1:1486365‑M1/91‑86 (MQ=255) ctaAGTGCCATTGAAAAGGacttagtagatttttgtttatataaccattttgagcaaacacgttatgaatagagaaggaataaacaattac < 2:3486393‑M2/91‑73 (MQ=255) ctaAGTGCCATTGAAAAGGacttagtagatttttgtttatataaccattttgagcaaacacgttatgaatagagaaggaataaacaattac < 1:1986565‑M2/91‑73 (MQ=255) ctaAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAACATTATTTTTGTCTTGCCCATCTCGTGAAAATAAtacta > 2:74805/1‑91 (MQ=255) taAGTccttttcaatggcacttagtagatttttgtttatataaccattttgagcaaacacgttatgaatagagaaggaataaacaattaca < 1:1720461‑M1/91‑87 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |