New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353906 | 177 (0.870) | 9 (0.050) | 7/134 | NT | 5.6% | intergenic (+99/+44) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1353932 | 154 (0.900) | intergenic (+125/+18) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
GTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAG > USA300TCH1516_ALE/1353816‑1353996 | gcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCAtaataa < 2:562635‑M1/13‑1 (MQ=255) gTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA < 2:1113031‑M1/91‑1 (MQ=255) gTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA < 1:3840697‑M1/91‑1 (MQ=255) gTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA < 2:1315856‑M1/91‑1 (MQ=255) gTGAGTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA < 1:3296371‑M1/91‑1 (MQ=255) aagccatagatctatctaaacaccctgtaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGgcataataagcc > 2:3675470‑M1/76‑88 (MQ=255) aTTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCa > 1:2472375/1‑91 (MQ=255) ttATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCAt < 2:1512988/91‑1 (MQ=255) tatatataTTAACGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATa < 2:3282872/91‑1 (MQ=255) tatatataTTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATa < 2:395303/91‑1 (MQ=255) tatatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGt < 1:3706767/91‑1 (MQ=255) tatatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGt < 1:367268/91‑1 (MQ=255) tatatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGt > 2:3036637/1‑91 (MQ=255) atatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTg > 1:652834/1‑91 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc < 1:2054394/91‑1 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc < 1:610074/91‑1 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc > 2:889032/1‑91 (MQ=255) atatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCg > 1:1530760/1‑91 (MQ=255) tatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGt > 2:1181270/1‑91 (MQ=255) tatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGt > 1:265850/1‑91 (MQ=255) ttAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTAt > 1:1284479/1‑91 (MQ=255) tAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATc < 2:1857017/91‑1 (MQ=255) tAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATc < 2:3134967/91‑1 (MQ=255) tAAAGTAAAATATACATGGTGCTTTGATTTATTAATATCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGTATAATAACCATAGTGCGTATc < 2:429532/91‑1 (MQ=255) ataGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTGATGATTACCATATATTTAGATATAGAAATAATTTAAATGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 2:833208/89‑1 (MQ=255) aaaGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGTCATAATAACCATAGTGCGGATCg < 1:3127889/91‑1 (MQ=255) aaaGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 2:874345/91‑1 (MQ=255) aGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg > 2:3498689/1‑91 (MQ=255) aaaaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgca < 2:2154139‑M1/91‑21 (MQ=255) aaaaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGt < 1:214502/91‑1 (MQ=255) aaaaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAAGAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgca < 1:1157022‑M1/91‑21 (MQ=255) aaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTaa < 1:2387750/91‑1 (MQ=255) tataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATg > 1:2595248/1‑91 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatg < 1:3484320‑M1/91‑26 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg < 1:1714782/91‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg < 1:984131/91‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg > 1:2990843/1‑91 (MQ=255) aCTTGGAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAt > 2:3198323‑M2/1‑90 (MQ=255) taaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGattat > 1:184804‑M1/49‑91 (MQ=255) taaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGattat > 2:2493392‑M1/49‑91 (MQ=255) tGAATCATCGATTTATTATTTCCAGATATTTATATATAGAAATAATTTAAAATCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttat < 2:2559410‑M1/91‑31 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta > 2:1144075‑M2/1‑85 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct < 1:3074543‑M2/91‑12 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct < 2:658990‑M2/91‑12 (MQ=255) cGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt < 1:1582317‑M2/91‑13 (MQ=255) gATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgccttt > 2:1129421‑M2/1‑78 (MQ=255) 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attaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTAc < 2:2913412/91‑1 (MQ=255) attaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTAc < 1:924937/91‑1 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAATTATTTTAAAGGCATCATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt < 2:1420661/91‑1 (MQ=255) taCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACtt > 1:1018804/1‑91 (MQ=255) cATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGaa < 1:1110843/91‑1 (MQ=255) tAAATTTATATATGGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGGGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAata < 1:3954284/91‑1 (MQ=255) tAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAata < 2:607217/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAatat < 2:104344/91‑1 (MQ=255) 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ataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttaaattatttctatatataaatttatggtaataataaatcgatgcttca < 1:633627‑M1/91‑88 (MQ=255) ataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttaaattatttctatatataaatttatggtaataataaatcgatgcttca < 1:1126799‑M1/91‑88 (MQ=255) ataaCCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctttaaattatttctatatataaatttatggtaataataaatcgatgcttca < 2:1994602‑M2/91‑62 (MQ=255) ATAACCATAGGGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta > 1:1563100‑M1/1‑91 (MQ=255) aatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttaaattatttctatatataaatttatggtaataataaatcgatgcttcaag < 1:1367216‑M1/91‑90 (MQ=255) aCCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctttaaattacttctatatataaatctatggtagtaataaatcgatgcgtcaagt < 2:2209130‑M2/91‑65 (MQ=255) | GTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAG > USA300TCH1516_ALE/1353816‑1353996 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |