| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1417767 = | 194 (0.950) | 9 (0.050) | 5/136 | NT | 5.9% | coding (152/831 nt) | gsiD_3 | Glutathione transport system permease protein GsiD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1417824 = | 121 (0.700) | coding (95/831 nt) | gsiD_3 | Glutathione transport system permease protein GsiD | |||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
ATTAATGTTAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCATTTTCACTACTGACAAAGAATTGCAGTACAATTACCA > USA300TCH1516_ALE/1417677‑1417857 | aTTAATGTTAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCtaata > 2:816509/1‑91 (MQ=255)aTTAATGTTAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCtaata < 1:216984/91‑1 (MQ=255) tAATGTTAAAACAGTAACAAACAATGTTGGATGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATaaa < 1:3165424/91‑1 (MQ=255) tAATGTTAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATaaa > 1:1183100/1‑91 (MQ=255) aaatattttcaaagaataacctgatattttttgtattcgttgcatttatttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaaaa < 2:137493‑M1/3‑1 (MQ=255) aaatattttcaaagaataacctgatattttttgtattcgttgcatttatttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaaaa < 2:439279‑M1/3‑1 (MQ=255) aaTGTTAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAAt < 2:2785553/91‑1 (MQ=255) tGTTAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGc > 1:3592760/1‑91 (MQ=255) tGTTAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGc > 1:1525256/1‑91 (MQ=255) ttttcaaagaataacctgatattttttgtattcgttgcatttatttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGcaa < 1:506101‑M1/8‑1 (MQ=255) ttAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGcaa < 2:2622434/91‑1 (MQ=255) tAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGcaac > 1:1018866/1‑91 (MQ=255) tAAAACAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGcaac > 1:2265571/1‑91 (MQ=255) ttcaaagaataacctgatattttttgtattttttgcatttatttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGcaacc < 2:2684158‑M1/10‑1 (MQ=255) ttcaaagaataacctgatattttttgtattcgttgcatttatttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGcaacc > 1:2578888‑M1/82‑91 (MQ=255) ttcaaagaataacctgatattttttgtattcgttgcatttatttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGcaacc < 1:3655625‑M1/10‑1 (MQ=255) tcaaagaataacctgatattttttgtattcgttgcatttatttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGcaacca < 2:1194894‑M1/11‑1 (MQ=255) caaagaataacctgatattttttgtattcgttgcatttatttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGcaaccaa < 1:3234064‑M1/12‑1 (MQ=255) aCAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGcaaccaac > 1:592366/1‑91 (MQ=255) cAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACt > 2:1180424/1‑91 (MQ=255) cAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACt < 1:3510426/91‑1 (MQ=255) cAGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACt > 1:1227334/1‑91 (MQ=255) aGTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTa > 1:1060547/1‑91 (MQ=255) aGTAACAAACAATGTCGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCAAAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTa > 1:3365548/1‑91 (MQ=255) gTAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTaa < 1:3404188/91‑1 (MQ=255) tAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAAt > 1:250785/1‑91 (MQ=255) tAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAAt > 1:284565/1‑91 (MQ=255) tAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAAt > 2:2509598/1‑91 (MQ=255) tAACAAACAATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAAt > 1:2460972/1‑91 (MQ=255) aacaaacaATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATa < 2:2316813/91‑1 (MQ=255) aacaaacaATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATa < 1:308050/91‑1 (MQ=255) aacaaacaATGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATa < 1:2364786/91‑1 (MQ=255) caaacaaTGTTGAACGTGCACCGATAATAAGTCGAGAAAATAAATCTCTCAAATAATCATCAGTTCATAATAAATGCAACCAACTAATAgg > 2:1826610/1‑91 (MQ=255) acaaTGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTc < 1:2758742/91‑1 (MQ=255) acaaTGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACAAACTAATAGGTTc < 2:2915618/91‑1 (MQ=255) caaTGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCa > 1:3550872/1‑91 (MQ=255) caaTGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCa > 2:3435113/1‑91 (MQ=255) aaTGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCaa < 1:881449/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCaaa > 2:142151/1‑91 (MQ=255) aTGTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCaaa < 1:375139/91‑1 (MQ=255) gTTGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAg > 1:1943975/1‑91 (MQ=255) ttGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGt < 2:3229451/91‑1 (MQ=255) tGAACGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGtt > 2:2665872/1‑91 (MQ=255) cGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTtgtg > 2:3689335/1‑91 (MQ=255) cGTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTtgtg > 2:275092/1‑91 (MQ=255) gTGCACCGATAATAATTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGa < 2:899660/91‑1 (MQ=255) 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aatTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGGCTTTg > 2:3644079/1‑91 (MQ=255) aatTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTg > 1:2977157/1‑91 (MQ=255) aatTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTg > 2:669142/1‑91 (MQ=255) atTCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTgg < 2:2879592/91‑1 (MQ=255) ttCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCTGTTCCTAATCAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGt > 2:3011104/1‑91 (MQ=255) ttCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGt > 2:699697/1‑91 (MQ=255) tttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGtt > 1:1322423‑M1/41‑91 (MQ=255) tttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGtt > 1:2918760‑M1/41‑91 (MQ=255) tttttgtggtaattgtactgcaattctttgtcagtagtgaAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGtt > 1:95572‑M1/41‑91 (MQ=255) tCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGtt < 1:2407237/91‑1 (MQ=255) tCGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGtt < 2:3107933/91‑1 (MQ=255) cGGGTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTg > 2:1663891/1‑91 (MQ=255) ggTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCa > 2:1246053/1‑91 (MQ=255) gTAAATAAATCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCAt < 2:555709/91‑1 (MQ=255) aaataaatCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCAttt > 1:1844350/1‑91 (MQ=255) aaataaatCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCAttt < 1:2531681/91‑1 (MQ=255) aataaatCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCAtttt < 1:175421/91‑1 (MQ=255) aataaatCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCAtttt < 1:997792/91‑1 (MQ=255) ataaatCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCATTTTc < 1:43431/91‑1 (MQ=255) aatCTCTCCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCATTTTCact < 1:2207867/91‑1 (MQ=255) tctctcCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCATTTTCactac > 1:3278655/1‑91 (MQ=255) ctctcCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCATTTTCactact > 1:3930430/1‑91 (MQ=255) ctctcCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCATTTTCactact > 2:3492542/1‑91 (MQ=255) tctcCCATAATCATCAGTTCCTAATAAATGCAACCAACTAATAGGTTCAAAAGTTTGTGATAAATTGACTTTGGTTGCATTTTCACTACTg > 1:2603186/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |