| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1616458 | 169 (0.830) | 10 (0.050) | 9/144 | NT | 5.6% | intergenic (‑43/‑39) | nudF/yhdN_2 | ADP‑ribose pyrophosphatase/General stress protein 69 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1616473 | 184 (1.000) | intergenic (‑58/‑24) | nudF/yhdN_2 | ADP‑ribose pyrophosphatase/General stress protein 69 | |||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GCCATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAGGTCTAG > USA300TCH1516_ALE/1616368‑1616548 | gCCATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTTATTTTATTCTTTTATAATCACGTTCCTTTAATTTTATATTATATATTGATACACT > 2:429704‑M1/1‑91 (MQ=255)gCCATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTATATCCTTTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACT > 2:95131‑M1/1‑91 (MQ=255)gCCATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACT < 1:3000105‑M1/91‑1 (MQ=255)gCCATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACT > 2:1328431‑M1/1‑91 (MQ=255)gCCATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACT < 2:3818412‑M1/91‑1 (MQ=255) ccATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATGACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTa < 1:3337278/91‑1 (MQ=255) ccATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTa > 2:3588887/1‑91 (MQ=255) ttATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATTTTGATACACTATGc < 2:3362349/91‑1 (MQ=255) ataaataaCTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCtt < 2:3516630/91‑1 (MQ=255) aataaCTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTtttt > 2:1278718/1‑91 (MQ=255) aataaCTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGtt < 1:624515/91‑1 (MQ=255) aataaCTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGtt < 1:1340690/91‑1 (MQ=255) ataaCTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTa > 1:2349390/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGc > 2:3078373/1‑91 (MQ=255) 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aTCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgta > 2:1068689‑M2/1‑85 (MQ=255) cAATTGTTTTTTCATTTAAATCGATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCAGATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgtatc > 2:3001685‑M2/1‑83 (MQ=255) cAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgtatc < 1:676763‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTttagctaacaagcatagtgtatca < 1:1694990‑M1/91‑25 (MQ=255) aaTTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCg < 1:3861466/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCg > 1:1592995/1‑91 (MQ=255) aTTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGa > 2:1159098/1‑91 (MQ=255) aTTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATCGATACACTttagctaacaagcatagtgtatcaa < 1:278132‑M1/91‑26 (MQ=255) ttGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTttagctaacaagcatagtgtatcaat < 2:3339098‑M1/91‑27 (MQ=255) ttGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGaa > 1:983481/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGaa > 2:1919496/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGGTAGCTAAAGTGTATCGaa < 2:1672505/91‑1 (MQ=255) ttttttCATTTATATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAgg > 1:3031568/1‑91 (MQ=255) ttttCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGgag < 2:1954360/91‑1 (MQ=255) ttttCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGgag < 1:3749282/91‑1 (MQ=255) ttCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATGCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGaa < 2:3111763/91‑1 (MQ=255) tCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataata < 1:1260715‑M1/91‑35 (MQ=255) tCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAAc > 1:3007227/1‑91 (MQ=255) tCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAAc > 1:553048/1‑91 (MQ=255) tCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAAc > 1:1016878/1‑91 (MQ=255) cATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGTACa > 2:1020836/1‑91 (MQ=255) aTTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATCGATACACTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatg < 2:411466‑M1/91‑37 (MQ=255) ttAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGAc > 1:2603285/1‑91 (MQ=255) aaaTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACAt < 1:582107/91‑1 (MQ=255) aaaTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACAt > 1:2873365/1‑91 (MQ=255) aaaTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACAt > 1:1572137/1‑91 (MQ=255) aTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGc < 1:559738/91‑1 (MQ=255) aTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGc < 1:2127617/91‑1 (MQ=255) cATTATAATCACGTTCCTTTAAATTTCTAATATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGATAGGAGAACAGACATGCaaa > 2:964953/1‑91 (MQ=255) cATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCaaa < 2:120385/91‑1 (MQ=255) cATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCaaa > 2:792161/1‑91 (MQ=255) cATTATAATCACGTTCATTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGAATCGAAAGGAGAACAGACATGCaaa > 2:1434517/1‑91 (MQ=255) 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tattatATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCAt < 2:506977/91‑1 (MQ=255) tatataTTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTAt < 1:3613719/91‑1 (MQ=255) tatatTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCt < 2:2282035/91‑1 (MQ=255) atTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGaa > 2:1744725/1‑91 (MQ=255) tGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAAtt < 1:2745700/91‑1 (MQ=255) gATACACTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattg < 1:1941126‑M1/91‑84 (MQ=255) gATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTa > 1:2303758/1‑91 (MQ=255) aTACACTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattga > 2:282778‑M1/1‑7 (MQ=255) aTACACTtgagataacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggaaataaaagaaaaaacaattga < 2:1556778‑M1/91‑85 (MQ=255) tACACTttagctaacaagcatagtgtatccatatataatatgaatttaaaggcacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgat > 2:1068328‑M1/1‑6 (MQ=255) tACACTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgat < 1:2476077‑M1/91‑86 (MQ=255) tACACTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgat > 1:1759047‑M1/1‑6 (MQ=255) acacTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAGGt < 2:2615286/91‑1 (MQ=255) acTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgatcga < 1:1652734‑M1/91‑89 (MQ=255) acTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgatcga > 2:2021784‑M1/1‑3 (MQ=255) acTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgatcga > 1:464654‑M1/1‑3 (MQ=255) cTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgatcgaa < 1:3813014‑M1/91‑90 (MQ=255) cTttagctaacaagcatagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgatcgaa < 2:819201‑M1/91‑90 (MQ=255) cTATGCTTGTTAGCTAAagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgatcgaa < 2:2384479‑M2/91‑75 (MQ=255) cTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAGGTCTa > 1:740226/1‑91 (MQ=255) cTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAGGTCTa > 1:1056079/1‑91 (MQ=255) tATGCTTGTTAGCTAAagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaattgatcgaac < 2:2138057‑M2/91‑76 (MQ=255) | GCCATTATAAATAACTGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAGGTCTAG > USA300TCH1516_ALE/1616368‑1616548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |