New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1616458 | 169 (0.830) | 10 (0.050) | 9/144 | NT | 5.6% | intergenic (‑43/‑39) | nudF/yhdN_2 | ADP‑ribose pyrophosphatase/General stress protein 69 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1616473 | 184 (1.000) | intergenic (‑58/‑24) | nudF/yhdN_2 | ADP‑ribose pyrophosphatase/General stress protein 69 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAGGTCTAGGTTGCATGAGTTTAG > USA300TCH1516_ALE/1616383‑1616563 | tGTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTaa > 1:3253253/1‑91 (MQ=255) gTTCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAa > 2:1837478‑M2/1‑90 (MQ=255) ttCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAag < 1:2773372‑M2/91‑3 (MQ=255) ttCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAag > 2:3479896‑M2/1‑89 (MQ=255) tCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagt > 2:2022111‑M2/1‑88 (MQ=255) tCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagt > 2:1164937‑M2/1‑88 (MQ=255) tCGATCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagt > 1:464905‑M2/1‑88 (MQ=255) aTCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgta < 1:2476077‑M2/91‑7 (MQ=255) aTCAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTGCCTTTAAATTCATATTATATATGGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgta > 2:1068328‑M2/1‑85 (MQ=255) tCAATTGTTTTTTCTTTTATTTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTATCTCAagtgtat < 2:1556778‑M2/91‑8 (MQ=255) cAATTGTTTTTTCATTTAAATCGATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCAGATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgtatc > 2:3001685‑M2/1‑83 (MQ=255) cAATTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgtatc < 1:676763‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCg < 1:3861466/91‑1 (MQ=255) aTTGTTTTTTCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGa > 1:160596/1‑91 (MQ=255) 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ttttCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGgag < 2:812073/91‑1 (MQ=255) ttttCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGgag > 2:100186/1‑91 (MQ=255) ttCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATGCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGaa < 2:3111763/91‑1 (MQ=255) tCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAAc > 1:1016878/1‑91 (MQ=255) tCATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAAc > 1:3007127/1‑91 (MQ=255) cATTTAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGTACa > 2:1020836/1‑91 (MQ=255) tttAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGa < 2:1130806/91‑1 (MQ=255) ttAAATCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGAc > 1:2603285/1‑91 (MQ=255) aaaTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACAt < 1:582107/91‑1 (MQ=255) aaaTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACAt > 1:1572137/1‑91 (MQ=255) aaTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGTAAGGAGAACAGACATg > 2:1485013/1‑91 (MQ=255) aaTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATg > 1:3713424/1‑91 (MQ=255) aaTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATg < 1:1892009/91‑1 (MQ=255) aTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGc < 2:2725835/91‑1 (MQ=255) aTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGc < 1:2127617/91‑1 (MQ=255) aTCCATTATAATCACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGc < 1:559728/91‑1 (MQ=255) 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cACGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACAATATGCTTGTTAGCTAAAGTGAATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAatatat > 2:1476753/1‑91 (MQ=255) cGTTCCTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATCTATTa > 1:2487072/1‑91 (MQ=255) ccTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTaaaaa < 2:2530061/91‑1 (MQ=255) ccTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTaaaaa > 1:2828744/1‑91 (MQ=255) ccTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTaaaaa > 2:3165495/1‑91 (MQ=255) cTTTAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAg < 1:903554/91‑1 (MQ=255) tttAAATTCATATTATATATTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGt < 1:1302550/91‑1 (MQ=255) tttAAATTCACATTAGATATTCATACACCATGCTCGTTAGCAAACGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTaaaacgc > 2:2119252/1‑88 (MQ=255) 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atTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaa < 2:3339098‑M2/91‑66 (MQ=255) atTGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGaa > 2:1744725/1‑91 (MQ=255) ttGATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAAt < 1:3623031/91‑1 (MQ=255) tGATACACTATGCTTGTTAGCTAAagtgtatcaatatataatatgaatttaaaggaacgtgattataatggatttaaatgaaaaaacaatt < 1:1694990‑M2/91‑68 (MQ=255) gATACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTa > 1:2303758/1‑91 (MQ=255) aTACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAg > 1:528854/1‑91 (MQ=255) tACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAgg < 2:2187566/91‑1 (MQ=255) tACACTATGCTTGTTAGCTAAAGTGTATCGAAAGGAGAACAGACATGCAAAAAAATATATTAAAAAGTGGTATTTCATTATCTGAATTAgg > 1:1765789/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |