| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1627039 | 173 (0.850) | 20 (0.110) | 12/140 | NT | 10.9% | intergenic (‑192/+27) | USA300HOU_RS08070/gnd | hypothetical protein/6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1627047 | 176 (0.990) | intergenic (‑200/+19) | USA300HOU_RS08070/gnd | hypothetical protein/6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | |||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCCTTCTTTATCTTTTCTTTCGTACGTATGAGCA > USA300TCH1516_ALE/1626949‑1627129 | tCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGT < 1:1610745‑M1/91‑1 (MQ=255)tCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGT < 1:93028‑M1/91‑1 (MQ=255)tCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTATATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGT < 2:3881599‑M1/91‑1 (MQ=255)ccaAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATAAAAAAAAATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGT < 2:3916040‑M1/90‑1 (MQ=255) cAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTa > 2:422378/1‑91 (MQ=255) aaGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTAt > 1:415094/1‑91 (MQ=255) gATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCtt < 1:2247933/91‑1 (MQ=255) aataCTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTtgaaagat < 1:3564004‑M1/91‑9 (MQ=255) aTACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAa < 1:3096737‑M2/91‑2 (MQ=255) tACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAac > 1:1411417‑M2/1‑89 (MQ=255) tACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATAACACTCTCGTTTATATTTATCGAGAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAac < 1:3162821‑M2/91‑3 (MQ=255) aCTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTtgaaagatact < 1:1565486‑M1/91‑12 (MQ=255) aCTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTtgaaagatact < 1:3491984‑M1/91‑12 (MQ=255) aCTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAact < 2:1044038‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACTCTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTtgaaagatactat < 1:1696770‑M1/91‑14 (MQ=255) ttGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAactat < 2:2470085‑M2/91‑6 (MQ=255) ttGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAactat < 1:1013394‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTtgaaagatactagccttttt < 2:637015‑M1/91‑21 (MQ=255) aTTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTaa < 2:173744/91‑1 (MQ=255) ttttttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAAt < 1:3284191/91‑1 (MQ=255) ttttttATAGGTTGTAGCTACTCTAGCACACTCTCTGTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTtgaaagatactatcctttttt < 2:1579767‑M1/91‑22 (MQ=255) tttttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTtgaaagatactatcctttttta < 1:1328508‑M1/91‑23 (MQ=255) tttttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATc < 1:3360584/91‑1 (MQ=255) tttttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATc > 2:23325/1‑91 (MQ=255) tttttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATc < 1:2057975/91‑1 (MQ=255) ttttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCa < 1:840334/91‑1 (MQ=255) tttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCaa < 1:523779/91‑1 (MQ=255) ttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAat < 1:629071/91‑1 (MQ=255) ttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAat < 1:1831798/91‑1 (MQ=255) ttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAat < 1:1440699/91‑1 (MQ=255) ttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAat < 2:577215/91‑1 (MQ=255) ttATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAat > 2:91795/1‑91 (MQ=255) ataGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAatat > 1:3199459/1‑91 (MQ=255) aGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAAtatta > 2:2936495/1‑91 (MQ=255) aGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAAtatta > 1:2523144/1‑91 (MQ=255) aGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAAtatta > 2:555645/1‑91 (MQ=255) ggTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAAtattat < 1:1206313/91‑1 (MQ=255) gTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATattatt > 2:2870092/1‑91 (MQ=255) tAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTAttcttc > 2:983531/1‑91 (MQ=255) aGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCa > 2:3065697/1‑91 (MQ=255) gCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCaa < 2:309305/91‑1 (MQ=255) cTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAAt < 1:3596060/91‑1 (MQ=255) cTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAAt > 1:2534763/1‑91 (MQ=255) aCTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATcc < 1:1069031/91‑1 (MQ=255) aCTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATcc > 1:1725078/1‑91 (MQ=255) ctctATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCa < 2:2088251/91‑1 (MQ=255) atctATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAAAAAAAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCa < 2:3947967/90‑1 (MQ=255) tCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATtgtg > 2:1645393/1‑91 (MQ=255) cacaCTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTgtgt < 1:2228474/91‑1 (MQ=255) acacTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTa > 2:1873237/1‑91 (MQ=255) acTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAGAGAGTGTGATAGAGTAGC‑TACAACCTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATtgt > 1:310592/1‑91 (MQ=9) acTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATg > 1:3789901/1‑91 (MQ=255) tctctTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTtgaaagatactatccttttttatatcttttgataaatataaaagagagtgtg < 1:1778866‑M1/91‑53 (MQ=255) ctctTTTGTATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGaa < 1:1956832/91‑1 (MQ=255) ctctTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGaa > 1:2476150/1‑91 (MQ=255) ctctTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGaa > 2:2524376/1‑91 (MQ=255) ctctTTTATATTAATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGaa > 1:3023792/1‑91 (MQ=255) tctTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAAt < 1:970633/91‑1 (MQ=255) ttATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGc > 2:1949041/1‑91 (MQ=255) atTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCcttc > 2:947703/1‑91 (MQ=255) tttATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATTTTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCcttct < 1:3343834/91‑1 (MQ=255) tttATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCcttct < 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1:564915‑M1/1‑9 (MQ=255) aaG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAactatccttttttatatcttttgataaatataaaagagagtgtgatagagtagctacaacctataaaaaattac < 2:655139‑M2/91‑75 (MQ=255) g‑‑‑gAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCCTTCTTTATCTTTTCTTTcgtacgta > 2:1245367/1‑91 (MQ=255) gAT‑‑AGTtgagagatactatccttttttatatcttttgataaatataaaagagagtgtgatagagtagctacaacctataaaaaattacaca < 1:3785433‑M1/91‑86 (MQ=255) gAT‑‑AGTATCTTTCAactatccttttttatatcttttgataaatataaaagagagtgtgatagagtagctacaacctataaaaaattacaca < 1:2353185‑M2/91‑78 (MQ=255) aT‑‑AGGATCTGTCCA‑CTATCCTTTAGTCAATATTGTTCCTCCATCCATTGTGTATGGGATACGCCTTCTTGATCTGGCCTTTCGTACGtgtg > 2:3349690/1‑91 (MQ=255) t‑‑AGTtgaaagatactatccttttttatatcttttgataaatataaaagagagtgtgatagagtagctacaacctataaaaaattacacaag > 2:3944344‑M1/1‑4 (MQ=255) t‑‑AGTATCTTTCAactatccttttttatatcttttgataaatataaaagagagtgtgatagagtagctacaacctataaaaaattacacaag < 1:1226067‑M2/91‑80 (MQ=255) aGTtgaaagatactatccttttttatatcttttgataaatataaaagagagtgtgatagagtagctacaacctataaaaaattacacaagt < 2:1044025‑M1/91‑89 (MQ=255) aGTtgaaagatactatcctgttttatatcttttgataaatataaaagagagtgtgatagagtagctacaacctataaaaaattacacaagt < 2:288480‑M1/91‑89 (MQ=255) aGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCCTTCTTTATCTTTTCTTTCGTACGTATGAg > 1:2010934/1‑91 (MQ=255) aGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCCTTCTTTATCTTTTCTTTCGTACGTATGAg < 2:467014/91‑1 (MQ=255) aGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCCTTCTTTAGCTTTTCTTTCGTACGTATGAg < 2:2746013/91‑1 (MQ=255) gTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCCTTCTTTATCTTTTCTTTCGTACGTATGAGc > 2:2080570/1‑91 (MQ=255) gTATCTTCCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGACTCCGCATTCTTTATCTTTTCTTTCGTACGTATGAGc > 2:2654944/1‑91 (MQ=255) | TCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAG‑‑‑GAT‑‑AGTATCTTTCAA‑CTATCCTTTAATCAATATTATTCTTCAATCCATTGTGTATGGAATACGCCTTCTTTATCTTTTCTTTCGTACGTATGAGCA > USA300TCH1516_ALE/1626949‑1627129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |