| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682523 | 194 (0.950) | 24 (0.130) | 13/140 | NT | 12.6% | intergenic (‑268/+36) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682539 | 164 (0.920) | intergenic (‑284/+20) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
CTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACT > USA300TCH1516_ALE/1682433‑1682613 | caatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagagattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCa > 1:3421253‑M1/82‑91 (MQ=255)caatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCa < 1:690675‑M1/10‑1 (MQ=255) aaTCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAAc > 1:350047/1‑91 (MQ=255) aaTCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAAc < 2:3212594/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTAcc > 1:1651923/1‑91 (MQ=255) ttttttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCAt > 2:539320/1‑91 (MQ=255) ttttttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCAt > 1:1521196/1‑91 (MQ=255) tttttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCAtt < 1:2934272/91‑1 (MQ=255) tttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTAc < 2:2598150/91‑1 (MQ=255) tGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggt < 2:42084‑M1/91‑14 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa < 1:2216819/91‑1 (MQ=255) tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagt < 2:3722651‑M1/91‑17 (MQ=255) tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATat > 2:3558555/1‑90 (MQ=255) gTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagtt < 2:3167542‑M1/91‑18 (MQ=255) 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aatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCt > 1:1914900‑M1/62‑91 (MQ=255) tttAACTAACTAGTATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTGTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagttgctt < 2:3636808‑M1/91‑22 (MQ=255) tttAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTATCGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagttgctt < 2:3865436‑M1/91‑22 (MQ=255) tttAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagttgctt < 1:158843‑M1/91‑22 (MQ=255) ttAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActagcgtaatggtagttgcttg < 2:1823004‑M1/91‑23 (MQ=255) ttAAAGAACTAATATTACTCGAAAAATTCACTTTGTTTTTTAATTTAAAATAAAAAAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTg < 2:1876799/91‑1 (MQ=255) tcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTg > 1:2303385‑M1/60‑91 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 2:765492‑M2/91‑10 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 2:633367‑M2/91‑10 (MQ=255) aTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTACTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgtttt < 2:3045858‑M2/91‑11 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGTAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc > 1:3848583/1‑91 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc < 2:933666/91‑1 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc > 2:2413233/1‑91 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa > 1:3736578/1‑91 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa > 1:127712/1‑91 (MQ=255) aaTATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaa > 2:2214274/1‑91 (MQ=255) 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aaaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTg < 1:2495280/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt > 1:1001637/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt > 2:139449/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt < 2:2635659/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt < 2:3404659/91‑1 (MQ=255) aTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGttt > 2:47771/1‑91 (MQ=255) tctcTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTg > 1:2454392/1‑91 (MQ=255) tctcTTACTATTTTAATTTTTCTTAAAGAAAGAAAACAAGCAGCTACAAATACGATAGTGCTTGATTTCAAAAAATTTTATAATTGttaaa < 2:3925144/91‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |