| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682523 | 194 (0.950) | 24 (0.130) | 13/140 | NT | 12.6% | intergenic (‑268/+36) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682539 | 164 (0.920) | intergenic (‑284/+20) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
TGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATT > USA300TCH1516_ALE/1682449‑1682629 | tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAg > 2:3558118/1‑91 (MQ=255) gTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGt > 2:1757173‑M2/1‑90 (MQ=255) agtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGt > 1:3852270‑M1/65‑91 (MQ=255) tAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtg < 1:836583‑M2/91‑3 (MQ=255) tAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtg > 2:1595933‑M2/1‑89 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 1:646104‑M1/64‑91 (MQ=255) aaTTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgc > 2:595865‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAAAGAACTAATATTACTCGAAAAATTCACTTTGTTTTTTAATTTAAAATAAAAAAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTg < 2:1876799/91‑1 (MQ=255) tcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTg > 1:2303385‑M1/60‑91 (MQ=255) aaaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgtt < 1:2063149‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 2:1271927‑M2/91‑10 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 2:3775302‑M2/91‑10 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 1:3081218‑M2/91‑10 (MQ=255) aTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgtttt < 2:2192293‑M2/91‑11 (MQ=255) 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atgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaagtttttgAAGACATGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaa > 1:3151039‑M1/52‑91 (MQ=255) tAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaa < 1:1661853/91‑1 (MQ=255) gatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaa > 1:2499911‑M1/50‑91 (MQ=255) aaTATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaa > 2:2214274/1‑91 (MQ=255) tatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAt < 1:1204063/91‑1 (MQ=255) atTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAtt > 2:1466166/1‑91 (MQ=255) atTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAtt > 1:3528278/1‑91 (MQ=255) tttCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAttt > 2:2638621/1‑91 (MQ=255) ttCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAtttt > 2:2867476/1‑91 (MQ=255) ttCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAtttt > 2:2925102/1‑91 (MQ=255) ctcGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTtat < 1:1914816/91‑1 (MQ=255) ctcGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTCTCAAAAAATTTtat > 2:65853/1‑91 (MQ=255) cGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATaa < 2:2764966/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAAtt < 2:1485925/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAAAATAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAAtt < 2:733329/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt > 1:1001637/1‑91 (MQ=255) 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tctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGt > 1:3218554/1‑91 (MQ=255) ctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGtt > 1:3863792/1‑91 (MQ=255) ctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGtt < 2:1381264/91‑1 (MQ=255) tttGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCCAAAAATTTTATAATTGTTTTGGttt > 2:3422301/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTa > 2:2737545/1‑91 (MQ=255) gTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGc > 2:2360336/1‑91 (MQ=255) ttttttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCt < 1:2814320/91‑1 (MQ=255) tttttgAATTTTTCGTAACGTAAAAAATCAAGCAACTGCCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAGAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCt < 2:263412/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |