| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1732959 = | 151 (0.740) | 13 (0.080) | 7/136 | NT | 8.8% | intergenic (+145/+92) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1733016 = | 141 (0.820) | intergenic (+202/+35) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
AGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAA > USA300TCH1516_ALE/1732869‑1733049 | atatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttt < 2:1872991‑M1/1‑1 (MQ=255)atatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaattactttaaattttggatatgcttttcaatatttt < 1:3368853‑M1/1‑1 (MQ=255) tatacaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTg < 2:778971‑M1/2‑1 (MQ=255) gTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATG < 1:1841474‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGA > 2:3604943‑M1/1‑91 (MQ=255) ttcaggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGaa > 1:1070320‑M1/88‑91 (MQ=255) aaCAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAA < 2:3227370‑M1/91‑1 (MQ=255) aCAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAA < 1:3206009‑M1/91‑1 (MQ=255) caggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAg < 2:1635152‑M1/6‑1 (MQ=255) caggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAg > 1:2732436‑M1/86‑91 (MQ=255) cAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAG > 2:924857‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGC > 1:1251772‑M1/1‑91 (MQ=255) ggatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAgcg < 1:2945840‑M1/8‑1 (MQ=255) gatcgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAgcgc > 2:151017‑M1/83‑91 (MQ=255) 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gaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTc > 1:37171/1‑91 (MQ=255) atgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCaa < 1:2452539/91‑1 (MQ=255) tgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAAc > 2:1380896/1‑91 (MQ=255) tgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAAc < 2:120832/91‑1 (MQ=255) gaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt > 2:2517790/1‑91 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt > 2:566670/1‑91 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt < 2:3833533/91‑1 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt > 1:14230/1‑91 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt > 1:2920902/1‑91 (MQ=255) aGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTa > 1:2477542/1‑91 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac < 2:1091071/91‑1 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac < 1:3018434/91‑1 (MQ=255) aaTGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACttaag < 2:1744011/90‑4 (MQ=255) tGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac > 1:1148132/1‑91 (MQ=255) tGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac < 1:1767756/91‑1 (MQ=255) gTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACt < 1:2152975/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |