| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1732970 | 145 (0.710) | 10 (0.060) | 6/136 | NT | 7.0% | intergenic (+156/+81) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1733003 | 141 (0.820) | intergenic (+189/+48) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
TTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCT > USA300TCH1516_ALE/1732880‑1733060 | tttGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCC > 1:3263196‑M1/1‑91 (MQ=255)cgaataacgaagagaaaaaagaaaatgaagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGcccc > 1:2192749‑M1/80‑91 (MQ=255) gaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTc > 1:37171/1‑91 (MQ=255) gaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTc > 1:2370981/1‑91 (MQ=255) atgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCCAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCaa > 1:3133915/1‑91 (MQ=255) atgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCaa < 1:2452539/91‑1 (MQ=255) tgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAAc > 2:931925/1‑91 (MQ=255) tgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAAc < 2:120832/91‑1 (MQ=255) tgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAAc > 2:1380896/1‑91 (MQ=255) tgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAAc < 2:148665/91‑1 (MQ=255) tgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAAc < 2:2407250/91‑1 (MQ=255) gaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGCTTCAAAGTCACTTAAAATTCTAATGTGAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt > 2:3669828/1‑91 (MQ=255) gaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt > 2:2517790/1‑91 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt > 2:566670/1‑91 (MQ=255) aaaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACtt > 1:14230/1‑91 (MQ=255) aaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACttt > 1:2961332/1‑91 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac < 1:3018434/91‑1 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac > 2:3829430/1‑91 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac < 2:1091071/91‑1 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac > 1:1914130/1‑91 (MQ=255) aTGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTaca > 1:2464518/1‑91 (MQ=255) tGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac < 1:71766/91‑1 (MQ=255) tGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac < 1:1767756/91‑1 (MQ=255) tGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac > 1:275930/1‑91 (MQ=255) tGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac > 1:1148132/1‑91 (MQ=255) tGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac < 2:2238291/91‑1 (MQ=255) tCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACtg < 1:2603253/91‑1 (MQ=255) aTTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTaa > 2:125789/1‑91 (MQ=255) ttCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCTCTTCAAATTCTACTGCAAATATGAACGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAgtgt > 1:3155544/1‑91 (MQ=255) ttCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAgtgt < 1:3341497/91‑1 (MQ=255) tCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGtt < 1:1101779/91‑1 (MQ=255) aagataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTa > 2:136712‑M1/53‑91 (MQ=255) aaTCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTa < 1:1731540/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTATTTTAGTAATGATTCAAAGTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTa < 1:3533019/91‑1 (MQ=255) tCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTAtt < 2:2016442/91‑1 (MQ=255) gataaagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTAtt > 2:2834195‑M1/51‑91 (MQ=255) cATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagtt < 1:2841400‑M1/91‑31 (MQ=255) cATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagtt < 2:3105912‑M1/91‑31 (MQ=255) cATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTAttt < 1:2039987/91‑1 (MQ=255) tttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCatcaaataaacacttacacagtgtaaagttga < 2:1787200‑M1/91‑33 (MQ=255) aagagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGAt > 2:2981777‑M1/47‑91 (MQ=255) tATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATg < 1:162887‑M2/91‑2 (MQ=255) agagaaataaatttctttaaattttggatatgcttttcaatatttTGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATg > 1:2289424‑M1/46‑91 (MQ=255) aTTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATgg < 2:1044543‑M2/91‑3 (MQ=255) tttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATgggg < 1:1838960‑M2/91‑5 (MQ=255) ttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggc > 1:1798684‑M2/1‑86 (MQ=255) aaatacatttctttaaattttggatctgcttttcaatatgtTGAAAGCGCCCCGTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGgc > 1:3675939‑M1/42‑91 (MQ=255) aGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgc < 2:3800331‑M2/91‑8 (MQ=255) aGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAAGATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgc > 1:299355‑M2/1‑84 (MQ=255) gTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgct < 2:3854218‑M2/91‑9 (MQ=255) gTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgct < 1:743110‑M2/91‑9 (MQ=255) gTAATGATTAAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATagggcgct < 1:1970909‑M2/91‑9 (MQ=255) aTGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctttc < 1:2452860‑M2/91‑12 (MQ=255) aTGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctttc > 2:270906‑M2/1‑80 (MQ=255) 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ccTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaat < 2:3751779‑M2/91‑57 (MQ=255) CCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTtctc < 1:565573‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTtctc < 2:797707‑M1/91‑1 (MQ=255) catcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaaggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaata > 2:1222490‑M1/1‑1 (MQ=255) catcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaaggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaata > 1:2735795‑M1/1‑1 (MQ=255) catcaaataaacacttacacagtgtaaagttgaaggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaata > 2:652332‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCT > USA300TCH1516_ALE/1732880‑1733060 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |